Aceasta este aplicația Linux numită kallisto a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca kallisto_windows-v0.50.0.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită kallisto cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
kalisto
DESCRIERE
kallisto este un program pentru cuantificarea aproape optimă a abundențelor de transcriere din datele ARN-Seq sau, mai general, a secvențelor țintă folosind citiri de secvențiere cu randament ridicat. Se bazează pe ideea utilizării pseudoalinierii pentru a determina rapid citirile și compatibilitatea țintelor, fără a fi nevoie de aliniere.
Potrivit benchmark-urilor efectuate pe un computer desktop Mac, kallisto poate cuantifica 30 de milioane de citiri de ARN-seq uman în mai puțin de 3 minute cu doar secvențele de citit și un index de transcriptom, care în sine poate dura mai mult de 10 minute pentru a construi. Și, deoarece utilizează pseudoalinierea, este rezistent la erori în citiri și păstrează informațiile cheie necesare pentru cuantificare. Acest lucru face ca kallisto nu numai să fie rapid, ci și foarte precis. În multe benchmark-uri, chiar depășește cu mult instrumentele existente.
DESCRIERE
- Utilizează pseudoalinierea
- Rapidă și precisă
- ARN-Seq în vrac cuantificat poate fi analizat cu detectiv
- Poate fi folosit cu bustools pentru a preprocesa datele ARN-seq unicelulare
Limbaj de programare
C
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
