Aceasta este aplicația Linux numită PRADA a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca PRADA.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită PRADA cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
PRADA
DESCRIERE:
Secvențierea masiv paralelă a ADNc transcris invers din ARN (RNASeq) oferă o estimare precisă a cantității și compoziției ARNm. Pentru a caracteriza transcriptomul prin analiza datelor ARN-seq, am dezvoltat PRADA. PRADA se concentrează pe procesarea și analiza estimărilor expresiei genelor, identificarea supervizată și nesupravegheată a fuziunii genice și identificarea supravegheată a ștergerii intragenice.
PRADA acceptă în prezent 7 module pentru procesarea și identificarea anomaliilor din datele RNAseq:
preproces: generează fișiere BAM aliniate și recalibrate.
expresie: generează expresia genică (RPKM) și valori de calitate.
fuziune: identifică fuziuni de gene candidate.
guess-ft: căutare supravegheată pentru transcrieri de fuziune.
ghici dacă: căutare supravegheată pentru fuziuni intragenice.
omologie: calculează omologia între două gene date.
cadru: prezice consecințele funcționale ale transcripției fuziunii
DESCRIERE
- PRADA este scris în limbajul de programare python și este destinat să ruleze într-un mediu de linie de comandă pe sisteme de operare UNIX sau LINUX.
- Descrierea detaliată a etapelor de instalare și a utilizării fiecărui modul cu exemple este disponibilă în documentația la adresa https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Fișierele de referință hg19 sunt disponibile pentru descărcare la http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Pentru a elimina artefactele de fuziune, filtrăm genele cu mai mulți parteneri în aceeași probă și omologie.
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/prada/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.