Aceasta este aplicația Linux numită TomoJ a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca TomoJ_Applications-2.8.1-jar-with-dependencies.jar. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită TomoJ cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
TomoJ
Ad
DESCRIERE
TomoJ este un plugin ImageJ pentru reconstrucția tomografică.
A fost conceput pentru tomografia electronică, totuși orice achiziție cu fascicul paralel ar trebui să funcționeze.
TomoJ propune preprocesarea și înregistrarea seriei tilt înainte de reconstrucțiile 3D (WBP, ART, SIRT, OS-SART, comprimat sensing).
TomoJ este scris în Java, calculele sunt multithreaded și reconstrucția poate fi efectuată pe CPU sau GPU (OpenCL).
înregistrarea este descrisă în:
Journal of Structural Biology: X. 2020, Volumul 4. „Îmbunătățiri ale alinierii imaginilor fără markeri pentru tomografia electronică” COS Sorzano și colab. https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100037.
BMC Bioinformatica. 2009 aprilie 27;10:124."Înregistrarea imaginii fără markeri a seriei de înclinare a tomografiei electronice." COS Sorzano et al.
Partea de reconstrucție a fost descrisă în:
BMC Bioinformatica. 2007 august 6;8:288. „TomoJ: software de tomografie pentru reconstrucția tridimensională în microscopia electronică cu transmisie.” Messaoudi C și colab.
DESCRIERE
- tomografia
- ImagineJ
- Aliniere în serie de înclinare
- Reconstrucție 3D
- WBP
- ART
- SIRT
- detectarea comprimată
Interfața cu utilizatorul
Java Swing
Limbaj de programare
Java, OpenCL
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/tomoj/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
