Aceasta este aplicația Linux numită trj_cavity a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca trj_cavity_v2.1.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită trj_cavity cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
trj_cavity
DESCRIERE:
trj_cavity găsește cavități proteice pe parcursul traiectoriilor de simulare a dinamicii moleculare (MD). Programul funcționează cu fișiere în format PDB, dar poate citi/genera și formate compatibile GROMACS, cum ar fi XTC.
Același proiect poate fi compilat ca instrument GROMACS sau ca versiune independentă. Instrucțiunile de instalare sunt furnizate în fișierul INSTALARE al proiectului și în https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
Dacă aveți nevoie de asistență pentru utilizarea acestui instrument (sau raportați erori), vă rugăm să îl postați pe forumul de discuții.
Observații: v2 rulează în paralel și acceptă seria GROMACS v5.1+. Dacă doriți să continuați să utilizați GROMACS v4.x, vă rugăm să utilizați trj_cavity_v1.1.
DESCRIERE
- Găsește cavități proteice în traiectorii de simulare MD.
- Produce traiectorii MD ale cavităților proteice în funcție de timp.
- Oferă statistici despre distribuția cavității proteice.
- Calculează descriptorul de volum al cavității.
- Profilul razei tunelului axului normal al porilor.
Limbaj de programare
C ++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/trjcavity/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.