Aceasta este aplicația Windows numită BBMap a cărei ultima versiune poate fi descărcată ca BBMap_39.03.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită BBMap cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
SCREENSHOTS
Ad
BBMap
DESCRIERE
Acest pachet include BBMap, un scurt aliniere de citire, precum și diverse alte instrumente bioinformatice. Este scris în Java pur, poate rula pe orice platformă și nu are alte dependențe decât instalarea Java (compilat pentru Java 6 și o versiune ulterioară). Toate instrumentele sunt eficiente și multifile.
BBMap: Aliniere de citire scurtă pentru date ADN și ARN-seq. Capabil să manipuleze genomuri arbitrar de mari cu milioane de schele. Se ocupă de Illumina, PacBio, 454 și alte citiri; sensibilitate foarte mare și tolerant la erori și numeroase indeluri mari. Foarte rapid.
BBNorm: instrument de corecție și normalizare a erorilor bazat pe Kmer.
Deduplicare: simplifică ansamblurile prin eliminarea subsecvențelor duplicate sau conținute care au o identitate procentuală țintă.
Reformat: Reformatează citește între fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, intercalat/pereche și ASCII-33/64, la peste 500 MB/s.
BBDuk: filtre, decoruri sau măști citiri cu potriviri kmer la un fișier artefact/contaminant.
... Şi mai mult!
DESCRIERE
- Java pur, rulează pe orice platformă; deja compilat, doar dezarhivați și rulați.
- Rapid, eficient și cu mai multe fire.
- Informații de utilizare afișate la rularea unui shellscript fără parametri.
- Cea mai mare sensibilitate a oricărui aligner cu citire scurtă.
- Ușor de instalat - doar dezarhivați/dezarhivați.
- Ușor de folosit. Exemplu: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Se ocupă de toate formatele comune: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Folosit de Institutul Comun al Genomului.
- BB înseamnă Bestus Bioinformaticus.
- Există o întrebare la îndemână aici: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal
Limbaj de programare
Java
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/bbmap/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
