Aceasta este aplicația Windows numită codonPhyML, care rulează în Windows online prin Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită codonPhyML pentru a rula în Windows online pe Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
SCREENSHOTS
Ad
codonPhyML să ruleze în Windows online peste Linux online
DESCRIERE
codonPhyML folosește modele de codon markovian de evoluție în reconstrucția filogeniei. Având în vedere un set de specii caracterizate prin secvențele lor de ADN ca intrare, codonPhyML va returna arborele filogenetic care descrie cel mai bine relația lor evolutivă. Lucrarea noastră care descrie codonPhyML a fost publicată în revista „Molecular Biology and Evolution” (MBE). Pentru mai multe detalii, urmați linkul: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML este pe coperta MBE! Verificați acest lucru (august 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Pentru versiunea multimodel a CodonPhyML, vă rugăm să utilizați codul tarball „codonphyml_multi.tgz”.
DESCRIERE
- Modele de codon markovian de evoluție: Goldman și Yang 1994, Muse și Gaut 1994, Kosiol și colab. 2007, Schneider și colab. 2005, Yap și colab. 2010
- Euristică de căutare a topologiei arborelui NNI și SPR
- parametrii ratei de substituție estimați prin probabilitate maximă
- suport multicore prin OpenMP
- probabilitate comparabilă între diferite modele (adică AA, NT și CODON)
Public
Știință/Cercetare, Educație
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal, linie de comandă
Limbaj de programare
C
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
