Aceasta este aplicația Windows numită FineSplice a cărei ultima versiune poate fi descărcată ca FineSplice-0.2.2.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită FineSplice cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
SCREENSHOTS
Ad
FineSplice
DESCRIERE
FineSplice este un înveliș Python pentru TopHat2 orientat spre o identificare fiabilă a joncțiunilor exonilor exprimate din datele ARN-Seq, la o precizie îmbunătățită de detecție cu o mică pierdere de sensibilitate.
În urma alinierii cu TopHat2 folosind adnotări de transcriere cunoscute, FineSplice ia ca intrare fișierul BAM rezultat și emite un set sigur de joncțiuni de îmbinare exprimate cu numărul de citire corespunzător. Potențialele fals pozitive care decurg din alinieri false sunt filtrate printr-o strategie de detectare a anomaliilor semi-supravegheată bazată pe regresia logistică. Citirile de cartografiere multiple cu o locație unică după filtrare sunt salvate și realocate în locația candidată cea mai fiabilă.
FineSplice necesită Python 2.x (>= 2.6) cu următoarele module instalate: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) și scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
Pentru mai multe detalii, consultați publicația noastră: Nucl. Acizi Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
DESCRIERE
- Aliniați cu TopHat2 folosind adnotări de transcriere pentru performanțe superioare de cartografiere
- Rulați FineSplice pentru a scăpa de aliniamentele nesigure și pentru a îmbunătăți precizia detectării joncțiunilor de îmbinare
- Produce un set sigur de joncțiuni exon-exon cu numărătoarele de citire corespunzătoare pentru analizele din aval
Limbaj de programare
Piton
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/finesplice/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
