Aceasta este aplicația Windows numită iCAS - An Illumina Clone Assembly System pentru a rula în Windows online pe Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca icas_v062.tar.bz2. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită iCAS - An Illumina Clone Assembly System pentru a rula gratuit în Windows online pe Linux online cu OnWorks.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
iCAS - Un sistem de asamblare Clone Illumina care rulează online în Windows pe Linux online
Ad
DESCRIERE
Secvențierea clonă cu clonă, ca mijloc de realizare a ansamblurilor de înaltă calitate pentru genomi mari și complexi, continuă să fie de mare relevanță în era secvențierii cu randament ridicat. Cu toate acestea, ansamblurile obținute folosind asamblori actuali ai întregului genom sunt adesea fragmentate și uneori au probleme de completitudine a genomului datorită diferitelor caracteristici ale datelor introduse de secvențierea multiplexată.Cu iCAS, procesul de filtrare a datelor se bazează pe un nou algoritm de frecvență kmer, rezultând citiri aproape perfecte de pre-asamblare. Contig-urile sunt generate folosind diferiți algoritmi de asamblare și apoi fuzionate împreună pentru a obține o continuitate mai lungă. Re-alinierea tuturor citirilor înapoi la schița contigs și recalibrarea fiecărei baze de secvență obține un consens final. Folosind clone finite pentru QC, conducta este capabilă să obțină ansambluri cu o acoperire a clonelor de 99.7% și o calitate de bază de consens de Q39.
Dezvoltat la Wellcome Trust Sanger Institute.
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Perl, C
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/icas/. Acesta a fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online în cel mai simplu mod de la unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
