Aceasta este aplicația Windows numită VarScan a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca VarScan.v2.3.9.jar. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită VarScan cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
SCREENSHOTS
Ad
VarScan
DESCRIERE
Detectarea variantelor în secvențierea masivă paralelă. Pentru un eșantion, apelează SNP-uri, indel-uri și genotipuri de consens. Pentru perechile tumorale-normale, clasifică în continuare fiecare variantă ca Germline, Somatic sau LOH și detectează, de asemenea, modificările numărului de copii somatice. ULTIMA VERSIUNE ESTE DISPONIBILĂ PE GITHUB
DESCRIERE
- Apelează SNP-uri și Indel-uri din fișierele de acumulare SAMtools
- Filtrează variantele după acoperire, adâncimea de citire, frecvența variantei și calitatea de bază
- Determină starea somatică (Somatic, Germline, LOH) pentru perechile Tumor-Normal
- Compară, îmbină și intersectează două liste de variante
- Limitează apelurile variante la un set de poziții țintă sau regiuni țintă
- Gratuit pentru uz necomercial.
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Java
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/varscan/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
