Это команда abacas, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
abacas - автоматическое продолжение собранных последовательностей на основе алгоритмов
СИНТАКСИС
абака -r ссылка -q qs -p прог [ПАРАМЕТРЫ]
OR
абака -r ссылка -q PSF -e
ссылка эталонная последовательность в одном файле fasta
qs контиги в формате мульти-фаста
Родж Программа MUMmer для использования: 'nucmer' или 'promer'
PSF файл псевдомолекулы / упорядоченной последовательности в формате fasta
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-h использование печати
-d использовать параметры nucmer / promer по умолчанию
-s int минимальная длина точного совпадающего слова (числовое значение по умолчанию = 12, стандартное значение по умолчанию
= 4)
-m печатать упорядоченные контиги в файл в формате мультифаста
-b печатать контиги из корзины в файл
-N напечатайте псевдомолекулу без "N"
-i int минимальный процент идентичности [по умолчанию 40]
-v int минимальное покрытие контига [по умолчанию 40]
-V int минимальная разница покрытия контигов [по умолчанию 1]
-l int минимальная длина контига [по умолчанию 1]
-t запустить tblastx на контигах, которые не отображаются
-g строка (имя файла) печать непокрытых областей (пробелов) при ссылке на имя файла
-a добавить контиги в bin к псевдомолекуле
-o выходные файлы префикса будут иметь этот префикс
-P выбрать наборы грунтовки, чтобы закрыть зазоры
-f int количество фланговых оснований по обе стороны от зазора для расчета грунтовки (по умолчанию
350)
-R int Run mummer [по умолчанию 1, используйте -R 0, чтобы не бегать mummer]
-e Избегайте заказа контигов, т. Е. Переходите к дизайну грунтовки
-c Контрольная последовательность круговая
ОПИСАНИЕ
ABACAS предназначен для быстрого объединения (выравнивания, упорядочивания, ориентирования), визуализации и проектирования
праймеры для закрытия пробелов на контигах, собранных из дробовика, на основе эталонной последовательности.
ABACAS использует MUMmer для поиска положений выравнивания и определения синтений собранных контигов.
против ссылки. Затем вывод обрабатывается для создания псевдомолекулы, принимающей
перекрывающиеся контиги и пробелы в учете. ABACAS создает файл сравнения, который может
использоваться для визуализации упорядоченных и ориентированных контигов в ACT. Синтения представлена красным
полосы, где интенсивность цвета уменьшается с более низкими значениями процентной идентичности между
сопоставимые блоки. Информация о контигах, таких как ориентация, процент идентичности,
покрытие и перекрытие с другими контигами также можно визуализировать, загрузив вывод
файл функций на ACT.
Используйте abacas в Интернете с помощью сервисов onworks.net
