Это команда ABYSS, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ABYSS - собирать короткие чтения в контиги
СИНТАКСИС
ABYSS [ВАРИАНТ] ... ФАЙЛОВ...
ОПИСАНИЕ
Соберите все входные файлы, FILE, которые могут быть в FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM или
Формат BAM и может быть сжат с помощью gz, bz2 или xz и может быть заархивирован.
Пользователям, желающим запустить полную сборку с ABySS, рекомендуется использовать abyss-pe в качестве своего
точка входа, а не программа ABYSS. abyss-pe - это Makefile, координирующий многие
инструментов ABySS (включая ABYSS) для запуска полного конвейера сборки ABySS.
abyss-pe может делать многое, чего не умеет ABYSS, например,
Информация о расстоянии, предоставляемая парными концевыми считываниями и сопряженными парами считывания.
целомудрие
отменить нецеломудренное чтение [по умолчанию]
- без целомудрия
не отбрасывайте нецеломудренное прочтение
- обрезной маской
обрезать замаскированные основания с концов считываний [по умолчанию]
- без обрезки-маскировки
не обрезать замаскированные основания с концов считываний
-q, - качество отделки=ПОРОГ
обрезать базы с концов чтений, качество которых ниже порогового
-Q, -масковое качество=ПОРОГ
замаскировать все базы в чтениях, качество которых ниже порогового
--Стандартное Качество
нулевое качество - это `! ' (33)
по умолчанию для файлов FASTQ и SAM
- качество освещения
нулевое качество - это `@ '(64)
по умолчанию для файлов qseq и экспорта
-o, --из=ФАЙЛОВ
записать контиги в ФАЙЛ
-k, --кмер=KMER_SIZE
k-mer размер
-t, - длина обрезки=TRIM_LENGTH
максимальная длина свисающих краев для обрезки
-c, - охват=РАСХОД
удалить контиги со средним охватом k-mer меньше этого порога
-b, - пузыри=N
лопать пузыри короче N bp (по умолчанию: 3 * k).
-b0, - без пузырей
не лопай пузыри
-e, --разрушать=РАСХОД
размывать основания на концах тупых контигов с покрытием меньше этого порога
-E, --эрод-прядь=РАСХОД
размывать основания на концах тупых контигов с покрытием меньше этого порога на
либо прядь
--coverage-hist=ФАЙЛОВ
записать гистограмму покрытия k-mer в ФАЙЛ
-g, --граф=ФАЙЛОВ
генерировать график в точечном формате
-s, --снп=ФАЙЛОВ
запись всплывающих пузырей в ФАЙЛ
-v, --подробный
отображать подробный вывод
--Помогите показать эту справку и выйти
--версия
вывести информацию о версии и выйти
Используйте ABYSS онлайн с помощью сервисов onworks.net
