Это команда alf, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
alf - Сравнение последовательностей без выравнивания
СИНТАКСИС
alf [ОПЦИИ] -i ВХОД.ФАСТА [-o ВЫХ.TXT]
ОПИСАНИЕ
Вычислить попарное сходство последовательностей с помощью методов без выравнивания в IN.FASTA
и запишите разделенную табуляцией матрицу с попарными оценками в OUT.TXT.
-h, --Помогите
Отображает это справочное сообщение.
--версия
Отображение информации о версии
-v, --подробный
Если дано, подробные сведения о ходе выполнения выводятся на экран.
Ввод, вывод:
-i, - входной файл ФАЙЛОВ
Имя входного файла multi-FASTA. Допустимые типы файлов: fa и fasta.
-o, --выходной файл ФАЙЛОВ
Имя файла, в который будет помещена разделенная табуляцией матрица с попарными оценками.
написано. По умолчанию запись выполняется в стандартный вывод. Допустимый тип файла: alf.tsv.
Общие параметры алгоритма:
-m, --метод МЕТОД
Выберите метод для использования. Один из N2, D2, D2Star и D2z. По умолчанию: N2.
-k, --k-мер-размер K
Размер к-меров. По умолчанию: 4.
-мо, --bg-модель-заказ ЗАКАЗАТЬ
Орден фоновой Марковской модели. По умолчанию: 1.
Параметры алгоритма N2:
-rc, - обратное дополнение РЕЖИМ
Какую прядь забивать. Используйте both_strands для одновременной оценки обеих прядей. Один
входных данных, both_strands, mean, min и max. По умолчанию: ввод.
-mm, - несоответствия Несоответствия
Количество несовпадений, одно из 0 и 1. Когда используется 1, N2 использует k-mer-сосед.
с одним несовпадением. По умолчанию: 0.
-ммw, - несоответствие веса ВЕС
Действительный вес подсчетов для слов с несовпадениями. По умолчанию: 0.1.
-квф, --k-mer-weights-файл ФАЙЛ.TXT
Выведите k-мерные веса для каждой последовательности в этот файл, если он задан. Допустимый тип файла:
текст.
КОНТАКТЫ И ССЫЛКИ
С вопросами или комментариями обращайтесь:
Джонатан Гёке[электронная почта защищена]>
Пожалуйста, обратитесь к следующей публикации, если вы использовали метод ALF или N2 для
ваш анализ:
Джонатан Гёке, Марсель Х. Шульц, Джулия Лассер и Мартин Вингрон. Оценка
Попарное сходство последовательностей энхансеров млекопитающих с подсчетом соседства слов.
Биоинформатика (2012).
Домашняя страница проекта:
http://www.seqan.de/projects/alf
Версия
Версия alf: 1.1 Последнее обновление 5 января 2012 г.
Используйте alf онлайн с помощью сервисов onworks.net
