Это команда alter-sequence-alignment, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
alter-sequence-alignment - среда трансформации выравнивания геномных последовательностей
СИНТАКСИС
альтернативное выравнивание последовательностей [вариант] [последовательность]
ОПИСАНИЕ
ALTER (среда преобразования выравнивания) - это инструмент для преобразования
между несколькими форматами выравнивания последовательностей. ALTER фокусируется на
спецификации основных программ согласования и анализа, а не
о конверсии между более или менее конкретными форматами.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-c (--крах)
Свернуть последовательности в гаплотипы.
-cg (--collapseGaps)
При свертывании обрабатывайте пробелы как недостающие данные.
-кл (--collapseLimit) Н
Ограничение количества подключений (последовательности, отличающиеся на <= l сайтах, будут свернуты) (по умолчанию
l = 0).
-см (--collapse)
Считайте недостающие данные как различия при сворачивании.
-i (--Вход) ФАЙЛ
Входной файл.
-я (--inputAutodetect)
Формат автоопределения (другие параметры ввода опускаются).
-если (--inputFormat) ВАЛ
Формат ввода (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP или PIR).
-ио (--inputOS) ВАЛ
Операционная система ввода (Linux, MacOS или Windows)
-ip (--inputProgram) ВАЛ
Программа ввода (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS или TCoffee).
-o (--выход) ФАЙЛ
Выходной файл.
-из (--Формат вывода) ВАЛ
Формат вывода (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP или PIR).
-ол (--outputLowerCase)
Вывод дела Лоу.
-ом (--outputMatch)
Вывести символы совпадения.
-One (--outputResidueNumbers)
Вывести остаточные числа (только формат ALN).
-оо (--outputOS) ВАЛ
Операционная система вывода (Linux, MacOS или Windows).
-op (--outputProgram) ВАЛ
Программа вывода (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl или GENERAL)
-Операционные системы (--outputSequential)
Последовательный вывод (только форматы NEXUS и PHYLIP).
Используйте альтернативное выравнивание последовательностей онлайн с помощью сервисов onworks.net
