altreep - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

altree - тесты ассоциации и локализации с использованием филогенетических деревьев

СИНТАКСИС

альтернативное дерево [параметры]

Опции:
--version версия программы
--short-help | h краткое справочное сообщение
- справочное сообщение с описанием опций
--man полная документация
--association | a выполнить тест ассоциации
--s-localization | l выполнить локализацию, используя символ S
--first-input-file | i файл_результатов из программ реконструкции филогении
--second-input-file | j файл, содержащий количество случаев / элементов управления, несущих гаплотип
--output-file | o выходной_файл
- тип данных | t ДНК | SNP
--data-qual | q качественный | количественный
--outgroup имя_аутентичной группы
--remove-outgroup
--tree-building-program | p phylip | paup | paml
--splitmode | s nosplit | chi2split
- без продления
--chi2-threshold | значение n
--перестановки | r число
--число деревьев для анализа число
- число деревьев для анализа
--s-номер-сайта
--s-site-characters родовое состояние -> производное состояние
--co-evo | е простой | двойной
--печать-дерево
--anc-seq наследственная последовательность (только с филлипом)
--nb-files количество входных файлов для анализа (только для теста ассоциации)

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--версия
Распечатайте версию программы и выйдите.

--короткая-помощь
Распечатайте краткое справочное сообщение и выйдите.

--Помогите Распечатайте справочное сообщение с описанием опций и выходами.

--человек Печать страницы руководства и выход.

--ассоциация | а
Выполните тест ассоциации

--s-локализация | l
Определите локус восприимчивости с помощью «S-символьного метода».

--first-input-file | я файл_результатов
Входной файл 1 (файл результатов paup, phylip или paml). Если несколько входных файлов
анализируемые, их имена должны быть разделены двоеточиями. Пример: input1: input2 и т. Д.

- второй-входной-файл | j соответствующий_файл
Входной файл 2, по умолчанию соответствующий.txt. Номер входного файла 2 должен быть одинаковым
в качестве номера входного файла 1. Имя другого входного файла 2 должно быть
разделенные двоеточиями

--output-file | o Outfile
Выходной файл

- тип данных | t «ДНК» | «СНП»
Тип данных: ДНК (ATGCU) или SNP (0-1)

--data-qual | q "качественный" | "количественный"
Анализировать качественные (случай / контроль) или количественные данные

--внешняя группа внешняя группа
Укоренить дерево с помощью этой внешней группы

--remove-outgroup
Перед выполнением тестов удалите внешнюю группу дерева

- программа -дерево | p "филлип" | "пауп" | "памл"
Программа реконструкции филогении

--splitmode | s "носплит" | "чи2сплит"
как тесты выполняются с уровня на другой

- без продления
Нет продолжения ветвей в дереве

--chi2-threshold | n ценностное
Порог значимости для chi2 (значение по умолчанию 0.01)

--перестановки | r номер
Количество перестановок, используемых для вычисления точных значений p_values ​​(только для ассоциации
тестовое задание)

--количество деревьев для анализа номер
Количество деревьев для анализа при анализе локализации (только для локализации).
метод с использованием S-символа)

- дерево для анализа номер
С помощью этой опции вы можете указать дерево для использования (вместо случайного). Может быть использован
несколько раз, чтобы указать несколько деревьев.

--s-номер-сайта номер
Номер сайта символа S в последовательности (только для метода локализации с использованием
S-символ)

--s-сайт-символы переход
Состояния символа для символа S: родовое состояние -> производное состояние, например: G-> C или
0-> 1 (только для метода локализации с использованием символа S)

--co-evo | e "простой" | "двойной"
Тип индекса совместной эволюции
просто: используется только переход anc -> der S
double: используются два возможных перехода

--печать-дерево
Если выбрана эта опция, дерево будет напечатано на выходе.

--anc-seq anc_seq
С помощью этой опции вы можете указать наследственную последовательность. Этот вариант только
полезно, когда дерево реконструируется с помощью программы смешивания phylip с
родовые состояния, указанные в файле "предки"

--nb-файлы номер
С помощью этой опции вы указываете количество входных файлов (1 и 2) для анализа.
опция работает только для теста ассоциации. Будьте осторожны, если количество деревьев
не то же самое для разных входных файлов: если выбранное дерево не существует в
один файл, программа работать некорректно

ОПИСАНИЕ

Эти программа выполняет

(а) тест ассоциации между геном-кандидатом и заболеванием или количественным признаком

(б) локальные тесты: он позволяет определить, какой SNP участвует в детерминировании
болезнь или количественный признак

Эти два теста основаны на анализе филогенетических деревьев гаплотипов.

Используйте altreep онлайн с помощью сервисов onworks.net