Это команда blastclust, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
blastclust - кластеризация с одной связью на основе оценки BLAST
СИНТАКСИС
взрыв [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c имя файла] [-d имя файла] [-e F]
[-i имя файла] [-l имя файла] [-o имя файла] [-p F] [-r имя файла] [-s имя файла]
[-v [имя файла]]
ОПИСАНИЕ
взрыв автоматически и систематически группирует последовательности белков или ДНК на основе
попарные совпадения, найденные с использованием алгоритма BLAST в случае белков или Mega BLAST
алгоритм для ДНК. В последнем случае выполняется один поиск Mega BLAST для всех
последовательности, объединенные с базой данных, созданной из тех же последовательностей. взрыв находит
пары последовательностей, которые имеют статистически значимые совпадения, и группируют их, используя
одинарная кластеризация.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Сводка опций приведена ниже.
- Распечатать сообщение об использовании
-C Завершить незаконченную кластеризацию
-L X Порог охвата длины (по умолчанию = 0.9)
-S X Порог охвата баллов (битовая оценка / длина, если <3.0, процент идентичностей
иначе; по умолчанию = 1.75)
-W N Используйте слова размера N (длина наилучшего идеального совпадения; ноль вызывает поведение по умолчанию: 3
для белков, 32 для нуклеотидов)
-a N Количество используемых ЦП (по умолчанию = 1)
-b F Не требует покрытия на обоих соседей
-c имя файла
Прочтите дополнительные параметры из файла конфигурации имя файла
-d имя файла
Ввод как база данных
-e F Отключить парсинг идентификаторов при форматировании базы данных
-i имя файла
Входной файл FASTA (программа отформатирует базу данных и в конце удалит файлы;
по умолчанию = стандартный ввод)
-l имя файла
Ограничить повторную кластеризацию списком идентификаторов в имя файла
-o имя файла
Выходной файл для списка кластеров (по умолчанию = stdout)
-p F Входные данные - это нуклеотиды, а не белки.
-r имя файла
Восстановить соседей для перекластеризации из имя файла
-s имя файла
Спасите всех соседей в имя файла
-v [имя файла]
Печатать подробные сообщения о ходе выполнения (в имя файла)
Используйте blastclust онлайн с помощью сервисов onworks.net
