boxshade - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

boxshade - красивая печать нескольких выравниваний последовательностей

СИНТАКСИС

тент

ОПИСАНИЕ

Боксшейд это программа для красивой печати нескольких результатов выравнивания. Сама программа
не выполняет никакого выравнивания, вы должны использовать программу множественного выравнивания, такую ​​как ClustalW или
Pileup и используйте выходные данные этих программ в качестве входных данных для BOXSHADE.

-Помощь
Покажи помощь.

-чек
Показать справку и расширить командную строку.

-def
Используйте настройки по умолчанию, без лишних вопросов.

-numdef
Использовать нумерацию по умолчанию.

-ДНК
Предположим последовательности ДНК, используйте box_dna.par.

-Трещина
Создавайте отдельные файлы для нескольких страниц.

-toseq =ххх
Растушевка в соответствии с последовательностью No. ххх.

-в =

имя входного файла.

-out =

имя выходного файла.

-par =

- имя файла параметров.

-sim =

- имя файла для подобных остатков def.

-grp =

- имя файла для группировки остатков по умолчанию.

-thr =x

x - это доля последовательностей, которые должны согласовываться для достижения консенсуса.

-dev =x

x - класс устройства вывода (см. ниже).

-type =x

x - формат входного файла (см. ниже).

-линейка
Линия печати линейки.

-конс
Создайте линию консенсуса.

-symbcons =хуг

хуг символы консенсуса.

-symbcons = "хуг"
Если приведенный выше не работает, попробуйте этот.

-unix
Строки выходных файлов заканчиваются только LF.

-мак
Строки выходных файлов заканчиваются только CR.

-дос
Строки выходных файлов заканчиваются CRLF.

Эта страница руководства была написана для дистрибутива Debian (TM), поскольку исходная программа
не имеет справочной страницы. Представленная информация взята из документации
Веб-сервис версии 3.21, недоступный в виде пакета Debian.

BOXSHADE - это программа для создания красивых распечаток из многоуровневого белка или
Последовательности ДНК. Программа сама по себе не выполняет выравнивания, она должна принимать в качестве входных данных файл.
предварительно обрабатывается программой множественного выравнивания или редактором множества файлов. См. Ниже
список поддерживаемых форматов ввода и устройств вывода. В стандартном выводе BOXSHADE,
идентичные и похожие остатки в таблице множественного выравнивания представлены
разные цвета или оттенки. Есть еще несколько вариантов, касающихся вида затенения.
для применения, порядковой нумерации, вывода консенсуса и так далее. Пользовательский интерфейс немного
корявый на данный момент, приходится отвечать на множество вопросов, чтобы получить желаемый
выход. Однако есть возможность использовать параметры по умолчанию из стандартного
файл параметров или предоставить программе параметры из командной строки. На
На данный момент версии BOXSHADE для VMS и DOS имеют идентичный пользовательский интерфейс.

вход Форматы
BOXSHADE 3.2 знает о следующих форматах входных файлов: (некоторые из них обычно используются
только для систем MSDOS или VMS) + CLUSTAL и CLUSTALV, программа множественного выравнивания,
Расширение по умолчанию для DOS / VMS / MAC .ALN + ESEE, редактор нескольких последовательностей, расширение по умолчанию для DOS
.ESE + PHYLIP, пакет филогенетического анализа, DOS, VMS, расширение UNIX по умолчанию .PHY +
PILEUP и PRETTY пакета анализа последовательности GCG. Расширения по умолчанию для VMS / UNIX .MSF.
и .PRE NB !! настоятельно рекомендуется НЕ использовать формат PRETTY в качестве входных данных, это может быть
несовместим с исправленной версией ввода .MSF. На самом деле мы не можем думать, почему кто-то
будет использовать этот формат сейчас, файлы .MSF более полезны в целом. + MALIGNED, несколько
редактор последовательности, только расширение VMS по умолчанию .MAL BOXSHADE пытается определить тип файла
из расширения, но будет работать и при использовании других расширений.

Результат устройств
POSTSCRIPT / EPS создает файлы POSTSCRIPT (TM) для печати на лазерном принтере или для дальнейшего использования.
преобразование с помощью интерпретатора POSTSCRIPT (например, GHOSTSCRIPT) + HPGL для экспорта в различные
графические программы или для преобразования / печати с помощью условно-бесплатной программы PRINTGL. Сюжет
Вывод BOXSHADE на плоттер, как правило, не рекомендуется + RTF для экспорта в различные форматы.
текстовые и графические программы + CRT, использует прямую запись с экрана на ПК-монитор.
Возможные варианты зависят от используемого графического адаптера. Это устройство вывода поддерживается только
в версии MSDOS. + ANSI. На ПК эта опция использует драйвер устройства ANSI (ANSI.SYS).
который должен быть предварительно загружен в CONFIG.SYS. Возможное отображение символов - обратное,
жирный, подчеркнутый, мигающий и т. д. В системах, отличных от DOS, этот параметр ведет себя более или менее как
режим вывода VT100. + VT100 для отображения на терминале или эмуляторе, совместимом с VT100. +
ReGISterm для отображения на графическом терминале или эмуляторе, совместимом с ReGIS. + ReGISfile для
последующее преобразование программой RETOS (авторское право DEC) для печати на ЦИФРОВЫХ
серия принтеров. + LJ250 для печати на цветном принтере DIGITALS LJ250. + Вывод ASCII
показаны либо консервативные остатки, либо различные (другие как '-'). + Фиг файл для
xfig 2.1. + Файлы PICT для импорта в графические программы Mac и ПК. Некоторые из вышеперечисленных форматов
предлагают возможность масштабирования персонажей и поворота сюжета. Размер персонажа
необходимо вводить в «балльных» единицах. Нормальная ориентация вывода - в портретном режиме
(Только PS / EPS / HPGL / PICT), чтобы получить вывод в альбомной ориентации, 'rotate plot = y' имеет
быть выбранным. При создании многостраничного вывода все страницы содержатся в одном выводе
файл. Если требуется одна страница на файл, необходимо использовать параметр командной строки / SPLIT.
Это принудительно применяется при запросе вывода файла EPSF или PICT, поскольку многостраничные файлы EPSF являются
противоречие цели EPSF и больших файлов PICT, вероятно, будет слишком большим для
большинство персональных компьютеров. При использовании терминала в качестве устройства вывода кнопка «ВОЗВРАТ»
для перехода к следующей странице вывода.

Последовательность нумерация
Начиная с версии 2.2 появилась возможность добавлять нумерацию к выходным файлам.
Числа напечатаны между названиями последовательностей и самой последовательностью. Поскольку большинство
входные файлы либо не используют нумерацию, либо нумеруют первую позицию в выравнивании
всегда с "1" (и это не обязательно отражает числа в исходном
последовательность), пользователю предлагается ввести начальную позицию для каждой последовательности. Команда
line flag / DEFNUM подавил этот вопрос, начальная позиция 1 принимается для всех
последовательности. Boxshade начинается со значения, введенного для крайней левой позиции, и продолжается.
пронумеровать каждый допустимый символ, пропуская пробелы, '-', '.' и тому подобное.

По умолчанию параметры
Несколько человек, использующих предыдущие выпуски BOXSHADE, указали мне на необходимость наличия
параметры по умолчанию для различных вопросов, задаваемых программой. Они утверждали, что большинство
сайты используют только один тип входных файлов, одно устройство вывода и один выбор цветов для
выход. Поэтому я добавил управление параметрами по умолчанию, разрешая два уровня
помощь пользователю. 1) все параметры по умолчанию содержатся в файле ASCII, который может
легко модифицироваться по вкусу пользователя. Формат примерно задокументирован в
заголовок файла, он напоминает ввод с клавиатуры, который нужно сделать при использовании программы
интерактивно. В этом выпуске BOXSHADE есть два таких файла:
BOX_DNA.PAR и BOX_PEP.PAR, содержащие некоторые примерные параметры для пептида и
ДНК-сравнения. между этими двумя нет большой разницы, главная из них заключается в том, что
при закрашивании сравнений ДНК не заботятся о «похожих» остатках. 2) запустить программу
с минимальным взаимодействием с пользователем я добавил возможность использовать командную строку
параметры. На данный момент вы можете использовать: / check: перечислить все разрешенные параметры командной строки
(этот список) и позволяет добавлять параметры. / def: программа запускается без вопросов,
BOX_PEP.PAR используется по умолчанию / dna: заставляет программу использовать BOX_DNA.PAR как файл параметров
/ pep: заставляет программу использовать BOX_PEP.PAR в качестве файла параметров / in = xxx: заставляет программу
принять xxx в качестве входного файла / out = yyy: заставляет программу принимать yyy в качестве выходного файла (note1)
/ par = zzz: заставляет программу использовать zzz в качестве параметра по умолчанию. file / type = 1: заставляет
программа предполагает входной файл типа 1 (PRETTY / MSF) / DEV= 1: заставляет программу предполагать и
устройство вывода типа 1 (CRT) / numdef: использовать нумерацию по умолчанию (все последовательности, начинающиеся с
"1") / thr: пороговая доля остатков, которые должны согласовываться для консенсуса / разделения: силы
одна страница на файл вывода, создает несколько файлов вывода. / cons: заставляет программу создавать
дополнительная линия консенсуса (см. ниже) / Symbcons =: влияет на то, как линия консенсуса
отображается. (см. ниже) / unix: записывает выходные файлы в стиле unix (только LF) (note2) / dos
: записывает выходные файлы в стиле DOS (CR / LF) (note2) note1: на машинах unix используйте out = OUTPUT
для терминального вывода на машинах DOS используйте out = con: на машинах VMS, используйте out = tt: note2: if
режим не указан, используется собственный стиль машины.

ВНИМАНИЕ
в системах unix в качестве разделителя следует использовать тире (-) вместо косой черты (/).
символ для параметров командной строки. Например, допустимая командная строка unix:
тент -def -numdef -конс -symbcons = " . * "

затенение стратегий (сходство в консенсус or одинарной последовательность)
Начиная с версии 3 в BOXSHADE появилась новая система затенения. Первое отличие - это
введение пороговой доли остатков, которая должна согласовываться для того, чтобы
консенсус. Раньше программа предполагала, что НЕКОТОРЫЕ остатки всегда были консенсусом. Если
нет двух одинаковых остатков, первая последовательность обеспечивает консенсусный остаток. Этот
Пороговая доля может быть любым числом от 0.0 до 1.0. Количество последовательностей, которые
для достижения консенсуса, как и следовало ожидать, эта доля умножена на
общее количество последовательностей в выравнивании (доли последовательности считаются как один, например 3.2
становится 4). Второе отличие - это идея «консенсуса по сходству»; это пытается
учитывать ситуации, когда все последовательности могут иметь (например) R или K в
позиции, но ни в коем случае. Затушевывать один вид остатков было бы нелогично.
как «идентичный», а другой - как «похожий»; пороговая функция может также устранить
оба слишком малочисленны. Следовательно, если нет ни одного остатка, который
сохраняется (больше порога) в позиции, программа ищет «группу»
аминокислоты, соответствующие требованиям. «Группы» определены в файлах .grp. Пользователи
могут приспособить их к своим личным предрассудкам. Предполагается, что любая аминокислота, не указанная в списке, не
быть в группе. Все члены группы считаются похожими друг на друга, в отличие от
.sim файлы, описанные ниже. Если консенсус по сходству найден, все остатки в
консенсус затеняется с использованием «аналогичной» заливки, определенной пользователем. Если пользователь не
выберите «затенение по сходству», рассматривается только консенсус по типу идентичности. Если
консенсус типа идентичности обнаружен, и выполняется затенение подобия, программа
проверяет, похожи ли оставшиеся остатки на согласованный остаток. Здесь
Используются файлы box_xxx.sim. Основное различие между отношениями в этих файлах и
в файлах .grp, например, в файле .grp строка STA означает, что все три
aas взаимно похожи. В файле .sim S TA означает, что рассматриваются как T, так и A.
аналогично S, где имеется консервативный остаток S в количестве, превышающем пороговое.
последовательности. Однако это НЕ означает, что T и A похожи друг на друга. Обратите внимание, что
случаи, когда два остатка или группы остатков удовлетворяют пороговым требованиям (как
могло случиться со значениями th. дробь меньше или равная 0.5) рассматриваются как
не имея консенсуса. Это описывает затенение основной модели затенения в соответствии с
консенсус ». Альтернативная модель называется «штриховкой в ​​соответствии с основной последовательностью». В
в этом случае пользователю предлагается указать последовательность выравнивания и последовательно
последовательность принимается за «консенсус». Затеняются только те остатки, которые
идентичны или похожи на выбранную последовательность. Результат, полученный с помощью этой опции, имеет тенденцию быть
менее закрашен и не учитывает сходства между другими (невыбранными) последовательностями. Запуск
в V2.7 эту «главную последовательность» можно скрыть. Таким образом, он влияет только на затенение
другие последовательности, не показывая себя.

Консенсус дисплей
Начиная с версии 2.5, BOXSHADE предлагает возможность создать дополнительную строку
держит символ консенсуса. Эту строку можно получить с помощью командной строки.
квалификатор / МИНУСЫ или интерактивно, ответив на вопрос «создать консенсус? '. Путь
эта консенсусная строка отображается, может быть изменена параметром командной строки
SYMBCONS = xyz, редактируя соответствующую запись в файле .PAR или в интерактивном режиме. Поскольку
Синтаксис SYMBCONS не интуитивно понятен, здесь краткое описание: Параметр SYMBCONS состоит из
ровно трех символов: + первый обозначает "нормальные" остатки последовательности, которые
не участвует в каких-либо подобных / идентичных отношениях. + второй символ представляет
позиции, сходные во всех последовательностях выравнивания. Смотрите файлы BOX_PEP.SIM
и BOX_DNA.SIM, чтобы увидеть, какие остатки считаются похожими. + третий символ представляет
позиции, которые идентичны во всех последовательностях выравнивания. Параметр SYMBCONS
строка ". *" (пробел / точка / звездочка) означает: пометьте все позиции в выравнивании с помощью
полностью идентичные остатки отмечены звездочкой, все положения со всеми подобными остатками обозначены
точку и не отмечайте другие позиции. Букву "B" можно использовать вместо
пусто, это необходимо, например, при использовании параметра командной строки /SYMBCONS=B.*, который дает
тот же результат, что и в приведенном выше примере. Параметр / SYMBCONS =. * Приведет к
непредвиденное поведение из-за того, что MSDOS выдавливает пробелы из командной строки. Помимо
точки, звездочки и другие символы, есть два специальных символа, когда они появляются в
строка SYMBCONS: 'L' и 'U'. Буква L означает, что строчные буквы
наиболее распространенный остаток в этой позиции должен использоваться вместо фиксированного согласованного символа
в то время как «U» означает представление этого остатка в верхнем регистре. Возможный
приложением будет строка SYMBCONS "LU", где аналогичные остатки представлены
символы нижнего регистра и идентичны символам верхнего регистра.

Условно-бесплатная / PD программы полезный in связь Боксшейд
несколько файлов выравнивания, которые будут использоваться BOXSHADE, могут быть созданы, среди прочего, с помощью
следующие PD / бесплатные программы: + PHYLIP от Joe Felsenstein, доступный по ftp с
anthro.utah.edu + ESEE Эрика Кэбота, доступно из тех же источников, что и BOXSHADE (см.
выше) + CLUSTAL от Des Higgins, то же самое для предварительного просмотра / преобразования файлов POSTSCRIPT,
Программа GHOSTSCRIPT от GNU Software Foundation настоятельно рекомендуется. Это доступно
со всех основных ftp-сайтов MSDOS (например, SIMTEL или ftp.uni-koeln.de) Также есть версия
протестирован для использования с коробкой, доступной на vax0.biomed.uni-koeln.de, хотя это может быть
не самый последний выпуск. для пользователей Mac существует MacGhostscript, также доступный по адресу
основные архивы (info-mac, umich и их зеркала). * Очень * хороший инструмент для установки
предварительный просмотр изображения в файл EPSF, что часто является предпосылкой для включения в чертеж
пакет, это PS2EPS, автор: Peter Lerup. Его можно найти на info-mac. для предварительного просмотра / преобразования
файлов HPGL настоятельно рекомендуется условно-бесплатная программа PRINTGL 1.18 от Кэри Равитца. Это
доступен на многих ftp-сайтах MSDOS и с [электронная почта защищена] - вывод по точке
принтеры - поскольку PRINTGL предлагает широкий выбор типов принтеров и является хорошей программой, я
рекомендую использовать его для печати вывода BOXSHADE на принтерах, не поддерживающих POSTSCRIPT. Использовать вывод HPGL
с вариантами 0F1N для нормальных остатков 2F1N для идентичных остатков 3F1N для аналогичных
остатки 2F4N для консервативных остатков 8 для не повернутого размера символа (это
стандартные параметры в BOX_PEP.PAR) для создания файлов HPGL. (назовем это TEST.PLT) Теперь
используйте PRINTGL либо в интерактивном режиме, вызывая PMI, либо используйте командную строку, например: PRINTGL
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt, где test.plt должен быть заменен именем файла для преобразования и
x в выражении / Fx следует заменить буквой принтера, который вы используете. (Видеть
документацию PRINTGL для получения дополнительной информации)

ОГРАНИЧЕНИЯ

Реализации вывода RTF и ввода PHYLIP все еще экспериментальны. Пожалуйста, расскажи мне о
ваш опыт работы с программой. + текущая версия DOS поддерживает только 13 последовательностей
с 2000 остатками каждый. Эти параметры можно легко изменить в исходном коде. если ты
не можете скомпилировать исходники, потому что вам не хватает компилятора паскаль, свяжитесь с автором
для предварительно скомпилированных версий

ЦИТИНГ Боксшейд

Публикаций на BOXSHADE нет и не планируется. Большинство людей просто используют его для
цифры в публикациях и ничего не упоминают, это нормально для авторов
BOXSHADE. Если вам действительно хочется упомянуть BOXSHADE, вы можете отметить это в
в условных обозначениях рисунка или в разделе «Математические и методы анализа», посвященном анализу последовательности.

Используйте boxshade онлайн с помощью сервисов onworks.net