Это команда clustalo, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
clustalo - Универсальная программа множественного выравнивания последовательностей для белков
СИНТАКСИС
Clustalo [-час]
ОПИСАНИЕ
Clustal-Omega - это универсальная программа множественного выравнивания последовательностей (MSA) для белков.
Он производит высококачественные MSA и способен обрабатывать наборы данных из сотен
тысячи последовательностей в разумное время.
В режиме по умолчанию пользователи предоставляют файл последовательностей для выравнивания, и они группируются в
создать направляющее дерево, которое используется для управления «прогрессивным выравниванием» последовательностей.
Есть также средства для выравнивания существующих трасс друг с другом, выравнивания
последовательность для выравнивания и для использования скрытой марковской модели (HMM), чтобы помочь направить
выравнивание новых последовательностей, гомологичных последовательностям, используемым для создания HMM.
Эта последняя процедура называется «внешнее выравнивание профиля» или EPA.
Clustal-Omega использует HMM для механизма выравнивания на основе пакета HHalign от
Йоханнес Сёдинг [1]. Направляющие деревья созданы с использованием расширенной версии mBed [2], которая может
кластер очень большое количество последовательностей за время O (N * log (N)). Тогда множественное выравнивание
выполняется путем выравнивания все больших и больших выравниваний с помощью HHalign после кластеризации
дано путеводителем.
В своей нынешней форме Clustal-Omega может выравнивать только последовательности белков, но не ДНК / РНК.
последовательности. Предполагается, что ДНК / РНК станут доступны в будущей версии.
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
Использование инструмента доступно в / usr / share / doc / clustalo / README.
ТЕХНОЛОГИИ
Заголовки и библиотеки доступны в пакете libclustalo-dev.
ЦИТИНГ
Сиверс Ф., Вильм А., Дайн Д. Дж., Гибсон Т. Дж., Карплюс К., Ли В., Лопес Р., Маквильям Х.,
Реммерт М., Сёдинг Дж., Томпсон Дж. Д., Хиггинс Д. Г. (2011). Быстрое масштабируемое создание высокопроизводительных
качественное выравнивание множественных последовательностей белков
с использованием Clustal Omega. Мол Сист Биол 7.
Используйте clustalo онлайн с помощью сервисов onworks.net
