cmtk-registrationx - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

registrationx - Жесткая и аффинная регистрация

СИНТАКСИС

регистрацияx Эталонное изображение

ОПИСАНИЕ

Эта программа выполняет жесткую и аффинную регистрацию изображений с использованием нескольких разрешений.
оптимизация показателей сходства изображений на основе вокселей.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Глобальный Инструментарий Возможности (эти общие by ВСЕ СМТК инструменты)
--Помогите
Записать список основных параметров командной строки в стандартный вывод.

--help-all
Записать полный список основных и расширенных параметров командной строки в стандартный вывод.

--вики
Записать список параметров командной строки в стандартный вывод в разметке MediaWiki.

--человек
Напишите исходный код страницы руководства в разметке nroff для стандартного вывода.

--xml
Запишите спецификацию синтаксиса командной строки в разметке XML (для интеграции с слайсером).

--версия
Напишите версию инструментария для стандартного вывода.

- эхо
Записать текущую командную строку в стандартный вывод.

--verbose-уровень
Установите уровень детализации.

--подробный, -v
Увеличить уровень детализации на 1 (не рекомендуется; поддерживается для обратной совместимости).

--потоки
Установите максимальное количество параллельных потоков (для потоков POSIX и OpenMP).

автоматизация Возможности
--авто-многоуровневый
Автоматическая оптимизация и генерация параметров разрешения для уровни [Дефолт:
0]

Оптимизация настройки
--max-шагразмер
Максимальный размер шага оптимизатора, определяющий исследование пространства поиска. [Дефолт: 8]

--min-stepize
Минимальный размер шага оптимизатора, определяющий точность. [Дефолт: 0.1]

--степфактор
Фактор уменьшения размера шага поиска. Должно быть> 0.0 и <1.0 [Дефолт: 0.5]

--дельта-f-порог
Необязательный порог для прекращения оптимизации (уровень) при относительном изменении цели
функция опускается ниже этого значения. [Дефолт: 0]

Фото товара разрешающая способность параметры
- выборка , -s
Выборка изображения (максимальное разрешение передискретизированного изображения) [Дефолт: 1]

- грубейший
Верхний предел для выборки изображений в иерархии с несколькими разрешениями [Дефолт: -1:XNUMX]

--omit-оригинальные-данные
Не используйте исходные данные в полном разрешении, пропустите финальную стадию в мультиразрешении.
иерархия, что сокращает время вычислений.

трансформация параметры
--степень свободы [, , ...]
Добавьте количество степеней свободы. Это может быть 3 (перевод), 6 (жесткое: перевод
и вращение), 7 (жесткая плюс глобальная шкала), 9 (жесткая плюс анизотропная шкала), 12
(жесткий плюс весы плюс ножницы), 3003 (перевод плюс сдвиг), 3033 (перевод,
сдвиг и масштаб) или 3303 (жесткий плюс ножницы, но без накипи). Этот вариант может быть
повторяется, и в этом случае степени свободы используются для последовательных прогонов оптимизации в порядке
что они появляются.

--dofs-final [, , ...]
Добавьте количество степеней свободы только для последнего уровня [можно повторить]

--симметричный
Используйте симметричный функционал регистрации для одновременной оценки прямой и обратной
трансформация. Это значительно увеличивает время регистрации, но дает результат.
что инвариантно при обмене неподвижным и движущимся изображениями. Также может быть больше
надежная и / или более точная, чем прямая регистрация.

- ограничение в самолете
Ограничьте аффинное преобразование плоскостью для плоскостей, перпендикулярных заданному
ось координат. Поддерживаемые значения: «xy», «xz», «yz», «none», где по умолчанию
"none" или используйте одно из следующего:

--xy Преобразование ограничено плоскостью для плоскости xy (перпендикулярно z
ось координат).

--xz Преобразование ограничено плоскостью для плоскости xz (перпендикулярно y
ось координат).

--yz Преобразование ограничено плоскостью для плоскости yz (перпендикулярно x
ось координат).

--никто
Вычисляется полное трехмерное аффинное преобразование. [Эта is дефолт]

--в этом
Выберите инициализатор для аффинного преобразования. Поддерживаемые значения: none, fov,
com, pax, Physical, где по умолчанию - fov, или используйте одно из следующих значений:

--никто
Используйте преобразование ввода или преобразование идентичности, если оно не было предоставлено.

--fov
Выровняйте центры поля зрения (или области обрезки) с помощью перевода. [Эта is
дефолт]

--com
Выровняйте центры масс с помощью перевода.

--pax
Выровняйте изображения путем вращения с использованием главных осей и перемещения с использованием центров
масса.

--физические
Выровняйте изображения путем поворота, используя векторы направления, хранящиеся во входных изображениях и
перевод с использованием исходного изображения.

--исходный
Инициализировать преобразование по заданному пути [Дефолт: НИКТО]

--initial-is-inverse
Инвертировать начальное преобразование перед инициализацией регистрации

Фото товара данным
--регистрационная метрика
Метрика регистрации для оценки движения путем совмещения изображения с изображением. Поддерживается
значения: «nmi», «mi», «cr», «rms», «msd», «ncc», где значение по умолчанию - «nmi», или используйте
одно из следующего:

--нми
Показатель нормализованной взаимной информации [Эта is дефолт]

--ми Стандартная метрика взаимной информации

--кр Показатель коэффициента корреляции

- среднеквадратичное значение
Корень из среднего квадрата в метрике (это квадратный корень из MSD)

--мсд
Показатель среднеквадратичной разницы

--ncc
Метрика нормализованной кросс-корреляции

Плавающий Фото товара Интерполяция Возможности
- интерполяция
Метод интерполяции для выборки плавающего изображения: Поддерживаемые значения: «ближайший-
сосед »,« линейный »,« кубический »,« косинус-синус »,« частичный объем »,« автоматический », где
по умолчанию "автоматически" или используйте одно из следующих:

--ближайший сосед
Интерполяция ближайшего соседа (для данных интенсивности и метки)

- линейный
Трилинейная интерполяция

кубический
Трикубическая интерполяция

--косинус-синк
Синхронная интерполяция с косинусным окном (самая точная, но самая медленная)

- частичный объем
Интерполяция частичного объема (для данных этикеток)

--автоматический
Автоматический выбор интерполяции в зависимости от типа данных: линейный для уровня серого
data, ближайший сосед для данных метки. [Эта is дефолт]

- гистограммы совпадений
Сопоставьте гистограмму плавающего изображения с гистограммой контрольного изображения.

- сила за пределами ценности
Установите значения вне поля зрения на это значение, а не отбрасывайте неполный пиксель
пар [Дефолт: отключен]

ID Фото товара предварительная обработка
--класс-ссылка
Класс данных: серый (по умолчанию) или метка [Дефолт: НИКТО]

--pad-ref
Значение заполнения [Дефолт: отключен]

--thresh-min-ref
Порог усечения минимального значения [Дефолт: отключен]

--thresh-max-ref
Порог усечения максимального значения [Дефолт: отключен]

--prune-гистограмма-ссылка
Количество интервалов для обрезки на основе гистограммы [Дефолт: отключен]

--histogram-equalization-ref
Применить выравнивание гистограммы

- средний-фильтр-радиус-ссылка
Применить медианный фильтр с заданным радиусом [Дефолт: 0]

--sobel-фильтр-ссылка
Применить фильтр обнаружения края Собела

--crop-индекс-ссылка
Область обрезки в координатах индекса пикселей [анализируется как% d,% d,% d,% d,% d,% d для
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Дефолт: НИКТО]

--crop-world-ref
Область обрезки в мировых координатах [анализируется как% f,% f,% f,% f,% f,% f для
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Дефолт: НИКТО]

--crop-thresh-ref
Автоматическая обрезка на основе порога [Дефолт: отключен]

Плавающий Фото товара предварительная обработка
--class-flt
Класс данных: серый (по умолчанию) или метка [Дефолт: НИКТО]

--pad-flt
Значение заполнения [Дефолт: отключен]

--thresh-min-flt
Порог усечения минимального значения [Дефолт: отключен]

--thresh-max-flt
Порог усечения максимального значения [Дефолт: отключен]

--prune-гистограмма-flt
Количество интервалов для обрезки на основе гистограммы [Дефолт: отключен]

--гистограмма-выравнивание-flt
Применить выравнивание гистограммы

- средний-фильтр-радиус-flt
Применить медианный фильтр с заданным радиусом [Дефолт: 0]

--sobel-filter-flt
Применить фильтр обнаружения края Собела

--crop-index-flt
Область обрезки в координатах индекса пикселей [анализируется как% d,% d,% d,% d,% d,% d для
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Дефолт: НИКТО]

--crop-world-flt
Область обрезки в мировых координатах [анализируется как% f,% f,% f,% f,% f,% f для
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Дефолт: НИКТО]

--crop-thresh-flt
Автоматическая обрезка на основе порога [Дефолт: отключен]

Результат параметры
--выход , -o
Выходной путь для окончательного преобразования [Дефолт: НИКТО]

--write-матрица
Путь вывода для окончательного преобразования в матричном формате [Дефолт: НИКТО]

--write-параметры
Путь вывода для окончательного преобразования в формате простого списка параметров [Дефолт: НИКТО]

--write-протокол
Имя выходного файла протокола оптимизации [Дефолт: НИКТО]

- время записи
Имя выходного файла статистики времени вычислений [Дефолт: НИКТО]

Импортировать Результаты в Тесак
--write-itk
Выходной путь для окончательного преобразования в формате ITK [Дефолт: НИКТО]

--записать-переформатировать
Записать переформатированное плавающее изображение. [Дефолт: НИКТО]

Изображение / Трансформация База данных
--дб
Путь к базе данных изображений / преобразований, которую следует обновить с помощью новой
регистрация и / или переформатирование изображения. [Дефолт: НИКТО]

АВТОРЫ

Торстен Рольфинг, при участии Майкла П. Хасака, Грега Джеффериса, Кэлвина Р.
Маурер, Даниэль Б. Русаков и Ярослав Гальченко

Используйте cmtk-registrationx онлайн с помощью сервисов onworks.net