Это команда compseqe, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
compseq - вычисляет состав уникальных слов в последовательностях
СИНТАКСИС
Compseq -последовательность Seqall [-файл вводить] -слово целое [-Рамка целое] -игноребз логический
-задний ход логический [-calcfreq логический] -выходной файл Outfile [- ноль логический]
Compseq -Помощь
ОПИСАНИЕ
Compseq это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Это часть команды «Нуклеиновая кислота: Состав, Белок: Состав».
группа (ы).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-последовательность Seqall
-файл вводить
Это файл, ранее созданный compseq, который можно использовать для установки ожидаемого
частоты слов в этом анализе. Размер слова в текущем прогоне должен быть
такой же, как в этом файле результатов. Очевидно, вы должны использовать файл, созданный из
последовательности белков, если вы подсчитываете частоту слов последовательности белков, и вы должны
используйте тот, который основан на частотах нуклеотидов, если вы анализируете последовательность нуклеотидов.
необходимые .
-слово целое
Это размер слова (n-mer) для подсчета. Таким образом, если вы хотите подсчитать частоты кодонов
для нуклеотидной последовательности вы должны ввести здесь 3. Значение по умолчанию: 2
дополнительный .
-Рамка целое
Обычное поведение 'compseq' - это подсчет частот всех слов, которые встречаются
перемещая окно длины «слово» на единицу каждый раз вверх. Эта опция позволяет вам
перемещать окно вверх на длину слова каждый раз, пропуская промежуточные
слова. Вы можете подсчитать только те слова, которые встречаются в одном кадре слова, по
установка для этого значения числа, отличного от нуля. Если вы установите его на 1, он будет только учитываться
слова в кадре 1, 2 будут считать только слова в кадре 2 и так далее.
-игноребз логический
Код аминокислоты B представляет аспарагин или аспарагиновую кислоту, а код Z представляет
Глутамин или глутаминовая кислота. Это не часто используемые коды, и вы можете не захотеть
подсчитывать слова, содержащие их, просто отмечая их при подсчете «Других» слов. Дефолт
значение: Y
-задний ход логический
Установите значение true, если вы также хотите подсчитывать слова в обратном дополнении
нуклеиновая последовательность. Значение по умолчанию: N
-calcfreq логический
Если установлено значение true, то ожидаемые частоты слов вычисляются из
наблюдали частоту единичных оснований или остатков в последовательностях. Если вы сообщаете
размер слова 1 (отдельные основания или остатки), то нет смысла использовать это
вариант, потому что рассчитанная ожидаемая частота будет равна наблюдаемой
частота. Расчет ожидаемых частот подобным образом даст приближение
ожидаемых частот, которые вы можете получить, используя входной файл частот
произведенный предыдущим запуском этой программы. Если входной файл ожидаемого слова
частот, то значения из этого файла будут использоваться вместо
это вычисление ожидаемой частоты из последовательности, даже если 'calcfreq' установлен на
быть правдой. Значение по умолчанию: N
Результат .
-выходной файл Outfile
Это файл результатов.
- ноль логический
Вы можете уменьшить размер выходного файла результатов, если не отображаете слова с
нулевой счет. Значение по умолчанию: Y
Используйте compseqe онлайн с помощью сервисов onworks.net
