вогнутость - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

вогнутость - предиктор сайтов связывания белкового лиганда по структуре и сохранению

СИНТАКСИС

вогнутость [параметры] PDBFILE OUTPUT_NAME

ОПИСАНИЕ

ConCavity предсказывает сайты связывания белкового лиганда путем комбинирования эволюционной последовательности.
консервация и трехмерная структура.

ConCavity принимает в качестве входных данных структуру белка формата PDB PDBФАЙЛ и, возможно, файлы, которые
характеризуют сохранение эволюционной последовательности цепей в структурном файле.

По умолчанию создаются следующие файлы результатов:

· Прогноз связывания остаточного лиганда для каждой цепи (* .scores).

· Прогнозы связывания остаточного лиганда в файле формата PDB (оценки остатков помещаются в
темп. поле фактора, * _residue.pdb).

· Расположение карманных прогнозов в файле формата DX (* .dx).

· Скрипт PyMOL для визуализации прогнозов (* .pml).

Чтобы визуализировать прогнозы в PyMol (если он установлен в вашей системе), загрузите скрипт
набрав "pymol 1G6C_test1.pml" в командной строке или загрузив его через pymol
интерфейс.

При желании файлы PDB и DX можно вводить в другие программы молекулярного просмотра. Несколько
доступны дополнительные форматы вывода; см. ниже. Обратите внимание, что нумерация остатков в
Файлы .scores могут не совпадать с файлом PDB.

Подход ConCavity состоит из трех концептуальных шагов: создание сетки, карман
извлечение и картирование остатков (см. Методы в статье). Во-первых, структурные и
эволюционные свойства белка используются для создания регулярной трехмерной сетки, окружающей
белок, в котором оценка, связанная с каждой точкой сетки, представляет собой оценочную
вероятность того, что он перекрывает связанный атом лиганда. Во-вторых, группы смежных, высоко-
точки сетки скоринга сгруппированы для извлечения карманов заданной формы и размера
ограничения. Наконец, каждый остаток белка оценивается с оценкой его вероятности.
связываться с лигандом на основе его близости к извлеченным карманам.

Каждый из алгоритмов, описанных для этих шагов, реализован вогнутым. Увидеть
примеры.

Ссылки

Капра Дж. А., Ласковски Р. А., Торнтон Дж. М., Сингх М. и Фанкхаузер TA(2009) Прогнозирование белка
Сайты связывания лигандов путем сочетания сохранения эволюционной последовательности и трехмерной структуры.
PLoS Компьютерная Биол, 5(12).

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

PDBФАЙЛ представляет собой файл структуры белка в формате PDB. ВЫХОД_ИМЯ становится частью вывода
имена файлов и не могут содержать "/". Вывод записывается в текущий каталог.

вход
-сохранение PATH
Если опция «-сохранение» не указана, то информация о сохранении не
считается. Обратите внимание, что есть отдельные файлы сохранения для каждой белковой цепи в
структура, а входом для опции -conservation является префикс этих файлов.
Предварительно рассчитанные файлы сохранения доступны почти для всего PQS в ConCavity
Веб-сайт. Если вы хотите вычислить значения сохранения последовательности для своих собственных
выравнивания, мы рекомендуем алгоритм JSD:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/>, доступно как счет_сохранения(1)
из пакета кода сохранения.

сетка Создание
-grid_method ligsite | surfnet | pocketfinder | на заказ
-разрешающая способность Int Int Int
Установите разрешение сетки.

-пространство плавать
Установите интервал сетки.

карманный Добыча
-метод_извлечения поиск | topn | custom
-extraction_threshold_range_cutoff FLOAT
Остановите итеративный по области применения метод, когда диаметр окна двоичного поиска меньше
чем -extraction_threshold_range_cutoff * upper_threshold. Рекомендуемое значение: 1e-6.
По умолчанию: 0.

остаток Карт
-res_map_method размытие | dist | dist-thresh | custom

Каждый из этих алгоритмов описан в тексте, и каждый имеет ряд дополнительных
параметры, которые меняют свое поведение. Опция "custom" позволяет вам установить значения
всех параметров для каждого шага самостоятельно. Предустановки (например, лигсайт, поиск, размытие) могут
переопределить значения, которые вы установили в командной строке, поэтому используйте «custom», чтобы получить полный контроль.

Результат
Есть также несколько вариантов формата вывода. Карманные значения сетки прогнозов могут быть выведены
в следующих форматах:

-print_grid_dx 0 | 1
Формат DX. Это 1 по умолчанию.

-print_grid_pdb 0 | 1
Формат PDB. Прогнозы остатка выводятся в виде файла PDB с оценками остатка.
сопоставлен с темп. поле фактора и номера карманов в поле последовательности остатков.

-print_grid_txt 0 | 1
Необработанный текст.

-v Подробный режим.

ПРИМЕРЫ

Примечание: возможно, вам придется скопировать и распаковать файлы данных примеров перед запуском
следующие примеры.

1. Это запустит вогнутость со значениями по умолчанию (эквивалент ConCavity ^ L в документе)
на структуре 1G6C.pdb и рассмотрим значения сохранения, найденные в
сохранение_данных /. Этот набор прогнозов будет называться «test1». Это производит
следующие файлы результатов по умолчанию в текущем каталоге:

вогнутость -сохранение / usr / share / doc / concavity / examples /servation_data / 1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. Например, для оценки структуры 1G6C.pdb с помощью ConCavity_Pocketfinder, Search и
Размытие, введите:

вогнутость -сохранение / usr / share / doc / concavity / examples /servation_data / 1G6C -grid_method pocketfinder -extraction_method search -res_map_method blur /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search

ПРИМЕЧАНИЯ

Авторы в основном используют PyMol и Chimera для визуализации, но диапазон вывода
форматы означает, что вы сможете импортировать данные в большинство программ расчета конструкций.
Сообщите нам, есть ли другие форматы вывода, которые вы хотели бы увидеть.

Используйте вогнутость онлайн с помощью сервисов onworks.net