Это команда delta2maf, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
delta2blocks - дополнительный инструмент для mummer от патча mugsy для сортировки выравниваний
delta2maf - дополнительный инструмент для mummer от патча mugsy для сортировки выравниваний
СИНТАКСИС
дельта2блоки [опции]<ссылкаID><qryID>
дельта2маф [опции]<ссылкаID><qryID>
ОПИСАНИЕ
-h Показать справочную информацию
-q Сортировка выравниваний по начальной координате запроса
-r Сортировка трасс по исходной справочной координате
-w int Установите ширину экрана - по умолчанию 60
-x int Установите тип матрицы - по умолчанию 2 (BLOSUM 62), другие варианты включают 1 (BLOSUM 45)
и 3 (BLOSUM 80)
примечание: влияет только на выравнивание аминокислот
Входными данными являются выходные данные .delta программы "nucmer" или "promer", переданной на
командная строка.
Вывод выводится на стандартный вывод и состоит из всех выравниваний между запросом и ссылкой.
последовательности, указанные в командной строке.
ПРИМЕЧАНИЕ. По умолчанию сортировка не выполняется, поэтому выравнивания будут упорядочены, как указано в
в Вход.
Используйте delta2maf онлайн с помощью сервисов onworks.net
