Это команда em_conse, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
минусы - Создание согласованной последовательности из множественного выравнивания.
СИНТАКСИС
минусы -последовательность набор последовательностей [-файл данных матрица] [-множество плавать] [-личность целое]
[-кейс плавать] -outseq вывод [-имя string]
минусы -Помощь
ОПИСАНИЕ
минусы это программа командной строки от EMBOSS («Европейское открытое программное обеспечение для молекулярной биологии»).
Люкс »). Он является частью группы (групп) команд «Выравнивание: Консенсус».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-последовательность набор последовательностей
Файл, содержащий выравнивание последовательностей.
-файл данных матрица
Это файл матрицы оценок, используемый при сравнении последовательностей. По умолчанию это
файл EBLOSUM62 (для белков) или файл EDNAFULL (для нуклеиновых последовательностей). Эти
файлы находятся в каталоге data установки EMBOSS.
дополнительный .
-множество плавать
Установите пороговое значение для количества положительных совпадений, ниже которого нет консенсуса.
Множественность по умолчанию принимается равной половине общего веса всех последовательностей в
выравнивание. Значение по умолчанию: @ ($ (sequence.totweight) / 2)
-личность целое
Предоставляет возможность установки необходимого количества идентификаторов на сайте для
прийти к единому мнению по этой позиции. Следовательно, если это установлено на количество
Последовательности в выравнивании только столбцы идентичностей вносят вклад в консенсус.
-кейс плавать
Устанавливает порог для положительных совпадений, выше которого консенсус выражается в верхнем регистре.
и ниже которого консенсус в нижнем регистре. Значение по умолчанию: @(
$ (sequence.totweight) / 2)
Результат .
-outseq вывод
-имя string
Используйте em_conse онлайн с помощью сервисов onworks.net