exonerate-server - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

exonerate-server - сервер сравнения последовательностей для exonerate

СИНТАКСИС

реабилитировать-сервер [ кредита ] <индекс путь>

ОПИСАНИЕ

реабилитировать-сервер представляет собой многопоточный сервер для программы выравнивания последовательностей exonerate.

Он использует набор последовательностей и соответствующий индексный файл, что позволяет быстро обрабатывать большие наборы данных.

О проекте

Во-первых, .esd файл должен быть создан из файлов последовательности. В .esd файл является Exonerate
Файл набора данных последовательностей и может использоваться для группировки любого набора последовательностей, где каждый
последовательности, содержащие уникальные идентификаторы. Это делается с помощью Fasta2esd утилита.

Fasta2esd геном.фаста геном.esd

Далее .esi файл мой быть сделан из .esd файл. .esi файл является Exonerate Sequence
Индексный файл и содержит индекс или набор индексов, соответствующих определенному набору данных.
Это делается с помощью esd2esi утилита.

esd2esi геном.esd геном.esi

Как только появится строка .esi файл был сгенерирован, можно запустить exonerate-server.

реабилитировать-сервер геном.esi

Пока сервер работает, можно использовать exonerate для запроса сервера, заменив
целевые последовательности в командной строке с именем сервера и номером порта. В
номер порта по умолчанию для exonerate-server - 12886.

реабилитировать запрос.фаста локальный: 12886

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Некоторые параметры командной строки для exonerate-server такие же, как и для
реабилитировать клиента, и они задокументированы на странице руководства для реабилитировать. Команда
другие параметры, относящиеся к реабилитировать-сервер задокументированы здесь.

--порт
Укажите порт, который должен прослушивать сервер. По умолчанию, реабилитировать-сервер
будет прослушивать порт 12886, но с помощью этой опции можно указать альтернативные порты.

--Вход <индекс файл>
Укажите индексный файл, который будет использоваться при запуске сервера. Этот вариант
обязательный. Индексный файл - это .esi файл, созданный esd2esi утилита.

--предварительная загрузка
По умолчанию индексы, содержащиеся в .esi файл, а последовательности, указанные в
соответствующая .esd файлы загружаются в память при запуске сервера.
Это необходимо для достижения высокой производительности, которой в противном случае препятствовали бы
частые обращения к диску. Эта опция позволяет предварительно загрузить индекс и последовательность.
выключен, что позволяет серверу работать намного медленнее, но с более быстрым
запуск и меньший объем памяти. Не рекомендуется отключать предварительную нагрузку.
кроме тестирования или отладки сервера.

--maxconnections
Сервер многопоточный. Эта опция устанавливает количество клиентских процессов, которые
разрешено подключаться к серверу одновременно. Для хорошей производительности
не должно быть больше, чем количество процессоров на машине, на которой
сервер работает.

- многословие
Установите уровень детализации для сервера. Если он равен нулю, сервер будет молчать,
и чем больше число, тем больше сообщений сообщает сервер о том, что
это происходит.

ИНТЕРФЕЙС

В этом разделе описан интерфейс связи между
клиент и сервер. Интерфейс задокументирован для людей, желающих писать
свой собственный сервер, чтобы сидеть за реабилитированием - для нормального использования реабилитации это
знать это не обязательно.

Интерфейс работает, когда клиент отправляет простые командные строки, а сервер отправляет
простые линии ответа через сокет. Все команды и ответы представляют собой простые строки ASCII
text, поэтому можно использовать telnet в качестве клиента для тестирования сервера.

Любая команда - это одна строка текста, но ответ может содержать много строк текста. В
ответы в форме :

Любой ответ может включать строки с тегом предупреждение: or ошибка: Эти предупреждение: и ошибка: имеют теги
повторяются клиентом, и клиент выйдет после получения любого ошибка: Ответить.

Когда сервер возвращает многострочный ответ, в первой строке должно быть указано количество
строки во всем ответе как: количество строк: Примеры см. В ответах получить
HSPS команды в примере сеанса ниже.

Клиент откроет только одно соединение с любым сервером, хотя многопоточное
Очевидно, что сервер необходим для одновременного подключения нескольких клиентов.

Команды и ответы использовал in для интерфейс.
Команда: версия
Ответ: версия

Команда: выход
Ответ: (нет ответа - сервер закрывает соединение)

Команда: дбинфо
Ответ: dbinfo:

Команда дбинфо Команда возвращает информацию о базе данных, загруженной на сервер.
Возвращаемые поля:

либо ДНК, либо белок
либо с мягкой маской, либо без маски
количество последовательностей в базе данных
длина самой длинной последовательности в базе данных
общая длина всех последовательностей в базе данных

Команда: поиск
Ответ: поиск:

Команда поиска используется для сопоставления внешнего идентификатора с внутренним
идентификатор.

Команда: получить info
Ответ: seqinfo: [ ]

Команда get info возвращает информацию о последовательности в базе данных. В
возвращаемые поля:

длина последовательности
контрольная сумма формата gcg (см. ниже)
внешний идентификатор (например, из заголовка fasta)
строка описания последовательности (тоже из фаста
заголовок), это поле является необязательным и может быть опущено.

Команда: получить далее
Ответ: seq:

Команда get seq возвращает всю последовательность в одной строке.

Команда: получить подпункт
Ответ: подв .:

Команда get subsq возвращает часть последовательности. Начало последовательности
нулевое положение. например. get Subq 0 0 10 вернет первые 10 оснований
первая последовательность в базе данных.

Команда: набор запрос
Ответ: ок:

Команда запроса seq используется для отправки последовательности запросов на сервер. Это
возвращает длину последовательности и контрольную сумму gcg

Команда: компенсатор оборотов
Ответ: ок: прядь

Команда запроса revcomp заставляет сервер дополнять запрос в обратном порядке. Этот
состоит в том, чтобы сэкономить полосу пропускания при отправке запроса дважды.

Целевая команда revcomp указывает серверу рассматривать базу данных как свою
обратное дополнение. Клиент отправляет эту команду только при поиске
переведенная база данных, поэтому нет необходимости реализовывать ее для большинства типов поиска.

Команда: набор остановить
Ответ: ок:

Команда set parameter отправляет параметры из командной строки exonerate в
сервер. Все эти команды могут игнорироваться клиентом для базового
реализации, но нельзя игнорировать для оптимальной производительности.

Команда: получить HSPS
Ответ: hspset: { }
Или: hspset: пусто

Команда get hsps - это основная команда для получения наборов hsps. Сервер
может возвращать несколько наборов hspset. Возвращаемые поля:

Внутренний идентификатор целевой последовательности для этих наборов HSP.
Позиция начала запроса hsp
Целевое начальное положение hsp
Длина hsp

Последние три поля представляют HSP и могут повторяться много раз на одном
hspset: линия ответа.

A декриминализовано пример клиент сервер Диалог.
% телнет локальный хост 12886
Попытка 127.0.0.1 ...
Подключен к localhost.localdomain.
Экранирующий символ - '^]'.
% версия
версия: exonerate-server 2.0.0
% дбинфо
dbinfo: днк с мягкой маской 100000 1701 38113579
% поиска AA159529.1
поиск: 88065
% получить информацию 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (# 937208) кДНК Homo sapiens
% получить seq 88065
последовательность: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% получить подзапрос 88065 10 20
подзапрос: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% задать запрос NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ок: 62 2028
% получить hsps
количество строк: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp запрос
ОК: запросить строку revcomp
% получить hsps
количество строк: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% выход
Соединение прервано внешним хостом.

ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА

Еще не задокументировано.

ПРИМЕРЫ

1. Пример создания переведенного индекса и выполнения быстрого поиска по протеин2геному с использованием
реабилитировать-сервер

Fasta2esd человеческий.геномный.фаста esd2esi --translate да human.genomic.esd
человеческий.геномный.транс.esi реабилитировать-сервер --port 1234 human.genomic.trans.esi реабилитировать
pep.fasta localhost: 1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

Версия

Эта документация прилагается к версии 2.2.0 пакета exonerate.

Используйте exonerate-server онлайн с помощью сервисов onworks.net