Это команда fahash, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fahash - построитель хэшей последовательности для обратной электронной ПЦР
СИНТАКСИС
фахаш [-hV] -b хэш-файл [-w wdsize] [-f период] [-F фрагмент_мин, фрагмент_макс] [-k] [-c
cachesize] [-v 1 | 2] файл famap ...
фахаш [-hV] -T хэш-файл [-o outfile]
ОПИСАНИЕ
Программа фахаш является частью пакета e-PCR и используется для создания хеш-файлов и вывода
статистика использования слов для поиска методом обратной электронной ПЦР.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-b хеш-файл
Строить хеш-таблицы (хеш-файл) из файлов последовательностей,
-T хеш-файл
Распечатать статистику использования слов для хеш-файла
-o Outfile
Записать вывод в файл `outfile '
варианты сборки:
-w словесный
Установите размер слова при построении хеш-таблиц
-f период
Установить несмежность при построении хеш-таблиц
-k Пропускать повторы при построении хеш-файла
-F мин Макс
Установить водяные знаки для размера фрагмента (в Мб) (только версия 1)
-c размер кэша
Установить размер кеша (только версия 2)
-v ver Использовать версию формата (1 | 2, 2 по умолчанию)
ПРИМЕР
famap -tN -b геном.famap org / chr _ *. fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 $ {PWD} /genome.famap
повторная ПЦР -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
Увидеть фамап(1) и повторно pcr(1)
Используйте fahash онлайн с помощью сервисов onworks.net
