Это команда faidx, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
faidx - Получить последовательности из FASTA
СИНТАКСИС
Faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {кровать, хромирование, нуклеотид, транспонированный}] [-c] [-r] [-n |
-ф] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -М] [--версия] быстро
[регионы [регионы ...]]
ОПИСАНИЕ
Получите последовательности из FASTA. Если регионы не указаны, все записи во входном файле
вернулся. Входной файл FASTA должен быть последовательно перенесен на строку, а вывод строки - на перенос строки.
зависит от длины входной строки.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
позиционный Аргументы
fasta FASTA файл
районы
разделенные пробелом области последовательности для выборки, например, chr1: 1-1000
По желанию Аргументы
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-b КРОВАТЬ, --кровать BED
постельный массив регионов
-o ВНЕ, --из ВНЕ
имя выходного файла (по умолчанию: stdout)
-i {кровать, хромосомы, нуклеотид, транспонированный}, - преобразовать
{кровать, хромосомы, нуклеотид, транспонированный}
преобразовать запрошенные регионы в другой формат. по умолчанию: Нет
-c, - дополнение
дополняют последовательность. по умолчанию: False
-r, --задний ход
обратная последовательность. по умолчанию: False
-n, --без имен
исключить имена последовательностей из вывода. по умолчанию: False
-f, --полные имена
вывести полные имена, включая описание. по умолчанию: False
-x, --split-файлы
записывать каждый регион в отдельный файл (имена получены из регионов)
-l, --ленивый
заполнять --default-seq для отсутствующих диапазонов. по умолчанию: False
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
база по умолчанию для отсутствующих позиций и маскировки. по умолчанию: N
-d РАЗДЕЛИТЕЛЬ, - разделитель РАЗДЕЛИТЕЛЬ
разделитель для разделения имен на несколько значений (повторяющиеся имена будут
отброшен). по умолчанию: Нет
-g РЕГЭКС, --regex РЕГЭКС
регулярное выражение для фильтрации несовпадающих имен последовательностей. дефолт: .*
-m, --mask-with-default-seq
замаскируйте файл FASTA, используя --default-seq по умолчанию: False
-M, - в каждом конкретном случае
замаскируйте файл FASTA, изменив его на нижний регистр. по умолчанию: False
--версия
напечатать номер версии pyfaidx
Используйте faidx онлайн с помощью сервисов onworks.net
