Это команда fastqc, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
FastQC - инструмент анализа контроля качества последовательности с высокой пропускной способностью
СИНТАКСИС
fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN
fastqc [-o выходной каталог] [- (нет) извлечение] [-f fastq | bam | sam]
[-c заражающий файл] seqfile1 .. seqfileN
ОПИСАНИЕ
FastQC читает набор файлов последовательностей и производит для каждого из них контроль качества.
отчет, состоящий из нескольких различных модулей, каждый из которых поможет
определить другой потенциальный тип проблемы в ваших данных.
Если в командной строке не указаны файлы для обработки, программа будет
начать как интерактивное графическое приложение. Если файлы предоставлены на
в командной строке программа запустится без вмешательства пользователя. В этом
режим подходит для включения в стандартизированный конвейер анализа.
Варианты программы следующие:
-h --Помогите
Распечатайте этот файл справки и выйдите
-v --версия
Распечатайте версию программы и выйдите
-o --outdir
Создайте все файлы вывода в указанном каталоге вывода. Обратите внимание, что это
каталог должен существовать, поскольку программа не будет его создавать. Если этот параметр не установлен
тогда выходной файл для каждого файла последовательности создается в том же каталоге, что и
файл последовательности, который был обработан.
--касава
Файлы поступают из необработанного вывода casava. Файлы в одной группе образцов (различаются только
по номеру группы) будет анализироваться как совокупность, а не индивидуально. Последовательности
с установленным в заголовке флагом фильтра будут исключены из анализа. Файлы
должны иметь те же имена, что и casava (включая сжатие и
заканчивающиеся на .gz), иначе они не будут сгруппированы правильно.
--извлекать
Если установлено, заархивированный выходной файл будет распакован в том же каталоге после
он был создан. По умолчанию этот параметр будет установлен, если fastqc запущен в
неинтерактивный режим.
-j --Джава
Предоставляет полный путь к двоичному файлу java, который вы хотите использовать для запуска fastqc. Если не
поставляется, то предполагается, что java находится на вашем пути.
--noextract
Не распаковывайте выходной файл после его создания. Вы должны установить эту опцию, если
вы не хотите распаковывать вывод при работе в неинтерактивном режиме.
--ногруппа
Отключите группировку баз для чтения> 50bp. Во всех отчетах будут отображаться данные по каждому
база в прочтении. ВНИМАНИЕ: использование этой опции приведет к сбою и сгоранию fastqc.
если вы используете его на очень длинных чтениях, и ваши графики могут оказаться смехотворными по размеру.
Вы были предупреждены!
-f --формат
Обходит определение формата файла с нормальной последовательностью и заставляет программу использовать
указанный формат. Допустимые форматы: bam, sam, bam_mapped, sam_mapped и fastq.
-t --потоки
Задает количество файлов, которые могут обрабатываться одновременно. Каждый поток
будет выделено 250 МБ памяти, поэтому вы не должны запускать больше потоков, чем ваш
доступная память справится, и не более 6 потоков на 32-битной машине
-c Задает нестандартный файл, содержащий список
- загрязнители
загрязняющие вещества, по которым необходимо проводить скрининг чрезмерно представленных последовательностей. Файл должен содержать
наборы названных загрязняющих веществ в форме имя [tab] последовательность. Строки с префиксом
хэш будет проигнорирован.
-k --кмерс
Определяет длину Kmer для поиска в модуле Kmer содержимого. Указанный Кмер
длина должна быть от 2 до 10. По умолчанию длина равна 5, если не указано иное.
-q --тихий
Подавлять все сообщения о ходе выполнения в stdout и сообщать только об ошибках.
Используйте fastqc онлайн с помощью сервисов onworks.net
