Это команда fastx_quality_stats, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fastx_quality_stats - Статистика FASTX
ОПИСАНИЕ
использование: fastx_quality_stats [-h] [-N] [-i INFILE] [-o OUTFILE] Часть FASTX Toolkit 0.0.14
А. Гордона ([электронная почта защищена])
[-h] = Этот полезный экран справки. [-i INFILE] = входной файл FASTQ. по умолчанию
STDIN. [-o OUTFILE] = ТЕКСТОВЫЙ выходной файл. по умолчанию - STDOUT. [-N] = Новый
выходной формат (с дополнительной информацией на нуклеотид / цикл).
Команда *СТАРЫЙ* выходной ТЕКСТ файл предусматривает встали на сторону после поля (один строка для столбец):
столбец = номер столбца (от 1 до 36 для файла solexa с 36 циклами чтения)
count = количество баз, найденных в этом столбце.
min = Наименьшее значение показателя качества, найденное в этом столбце.
max = наивысшее значение показателя качества, найденное в этом столбце.
sum = Сумма значений показателя качества для этого столбца.
mean = Среднее значение показателя качества для этого столбца.
Q1 = оценка качества 1-го квартиля.
med = средний показатель качества.
Q3 = оценка качества 3-го квартиля.
IQR = межквартильный диапазон (Q3-Q1).
lW = значение 'Left-Whisker' (для блочной графики).
rW = значение 'Right-Whisker' (для блочной графики).
A_Count = Количество нуклеотидов 'A', найденных в этом столбце. C_Count = Счетчик 'C'
нуклеотиды, найденные в этом столбце. G_Count = Количество нуклеотидов 'G', найденных в этом
столбец. T_Count = Количество нуклеотидов 'T', найденных в этом столбце. N_Count = Счетчик
из N нуклеотидов, найденных в этом столбце. max-count = макс. количество баз (всего
циклы)
Команда * НОВИНКА * выходной Формат:
цикл (ранее назывался «столбец») = номер цикла max-count Для каждого нуклеотида в
цикл (ALL / A / C / G / T / N):
count = количество баз, найденных в этом столбце.
min = Наименьшее значение показателя качества, найденное в этом столбце.
max = наивысшее значение показателя качества, найденное в этом столбце.
sum = Сумма значений показателя качества для этого столбца.
mean = Среднее значение показателя качества для этого столбца.
Q1 = оценка качества 1-го квартиля.
med = средний показатель качества.
Q3 = оценка качества 3-го квартиля.
IQR = межквартильный диапазон (Q3-Q1).
lW = значение 'Left-Whisker' (для блочной графики).
rW = значение 'Right-Whisker' (для блочной графики).
Используйте fastx_quality_stats в Интернете с помощью сервисов onworks.net
