Это команда fill-fs, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fill-fs - аннотировать VCF с фланкирующей последовательностью
СИНТАКСИС
заполнить-fs [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] файл.vcf
ОПИСАНИЕ
О программе: аннотирование VCF с помощью фланкирующей последовательности (тег INFO / FS)
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-b, - кровать-маска
Области для маскировки (индексируются табиксом), можно указать несколько файлов
-c, - кластер
Выполните самомаскировку сгруппированных вариантов в этом диапазоне.
-l, --длина
Длина фланкирующей последовательности [100]
-m, --маска-символ
Используемый символ или "lc" для нижнего регистра. Эта опция должна предшествовать -b, -v or -c
чтобы вступить в силу. С несколькими файлами работает
в качестве переключателя в командной строке см. пример ниже [N]
-r, --refseq
Эталонная последовательность.
-v, --vcf-маска
Замаскируйте известные варианты во фланкирующей последовательности, можно указать несколько файлов (tabix
проиндексировано)
-h, - ?, --Помогите
Это справочное сообщение.
Пример:
# Замаскируйте варианты из файла VCF буквами N и используйте строчные буквы для файла кровати
регионы fill-fs file.vcf -v маска.vcf -m lc -b маска. кровать
Используйте fill-fs онлайн с помощью сервисов onworks.net
