Это команда fixPolishesIID, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
sim4dbutils - утилиты для работы с файлами выравнивания, сгенерированными sim4db
convertPolishes - конвертировать между форматами sim4db и GFF3
filterPolishes - фильтрация выравнивания на основе идентичности последовательностей, покрытия и длины.
mergePolishes - объединить выравнивания из нескольких файлов
sortPolishes - сортировка выравниваний по кДНК, индексу геномной последовательности или имени последовательности
convertToExtent - Преобразование из формата sim4db в однострочный формат с разделителями-табуляторами
fixPolishesIID - обновляет файл sim4db для использования индекса последовательности определенного файла fasta.
Также может использоваться для извлечения подмножества выравниваний из файла sim4db.
depthOfPolishes - выводит разделенную табуляцией гистограмму глубины полировки при различных
размеры окон.
headPolishes - распечатать первые N выравниваний в файле, аналогично (1)
pickBestPolish - сообщать только о «лучшем» выравнивании для каждой кДНК
pickUniquePolish - сообщает о выравниваниях, в которых есть явное единственное наилучшее выравнивание для
каждая кДНК.
plotCoverageVsIdentity - генерирует (1) гистограмму процентной идентичности, (2)
гистограмма процентного покрытия и (3) список процентной идентичности и покрытия (для
использовать в точечной диаграмме).
uniqPolishes - отфильтровывает все выравнивания для кДНК с несколькими выравниваниями (-uniq) или
с одинарным выравниванием (-dupl). Похожий на уник(1)
realignPolishes - пересчитать выравнивания, перечисленные в файле sim4db.
reportAlignmentDifferences - формирует гистограмму типов ошибок в наборе
выравнивание Не поддерживается и Устаревшее
comparePolishes - коррелирует выравнивания в двух файлах.
convertToAtac - конвертирует из формата sim4db в формат ATAC.
detectChimera - проверяет выравнивание последовательностей, которые могут быть химерными.
mappedCoverage - сообщает объем последовательности запроса (EST, cDNA), который покрывается
выравнивания.
parseSNP - анализирует выравнивания для SNP.
removeDuplicate - ищет на входе повторяющиеся выравнивания.
vennPolishes - создает диаграмму Венна для нескольких файлов sim4db. (BAPUD) внутренне by
ESTMapper чистый
резюмировать
ОПИСАНИЕ
Эти программы представляют собой набор утилит для работы с сим4дб(1) -генерированные файлы выравнивания.
Используйте fixPolishesIID онлайн с помощью сервисов onworks.net
