Это команда genome-music-pfamp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
genome music pfam - добавить аннотацию Pfam в файл MAF
Версия
Этот документ описывает геном музыки pfam версии 0.04 (2016-01-01 в 23:10:18)
СИНТАКСИС
геном музыка pfam --maf-file =? --output-file =? --reference-build =?
... музыка pfam \
--maf-файл myMAF.tsv \
--output-файл myMAF.tsv.pfam
ТРЕБУЕТСЯ АРГУМЕНТЫ
maf-файл Текст
Список мутаций с использованием спецификации TCGA MAF v2.3
выходной файл Текст
Выходной файл MAF с дополнительным столбцом, в котором указаны домены аннотации Pfam.
справочная сборка Текст
Доступны варианты "Build36" или "Build37". Этот параметр обеспечивает соответствующую аннотацию
допустимые значения доменов:
Build36
Build37
Значение по умолчанию Build37, если не указано
ОПИСАНИЕ
Эта команда добавляет домены Pfam в столбец в конце файла MAF.
Этот инструмент берет файл MAF, определяет расположение каждого варианта в нем, а затем использует
быстрый поиск для получения всех доменов аннотаций Pfam, которые пересекает вариант. А
столбец добавляется в конец входного файла MAF с именем «Pfam_Annotation_Domains», где
результаты перечислены. «NA» отображается, если домены Pfam не найдены.
Используйте genome-music-pfamp онлайн с помощью сервисов onworks.net
