Это команда gmod_extract_dbxref_from_gff.plp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks с помощью одной из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmod_extract_dbxref_from_gff.pl - извлекает Dbxrefs из строк GFF3, у которых есть цель
Атрибуты
СИНТАКСИС
% gmod_extract_dbxref_from_gff.pl имя_файла gff> выходной_файл
ОПИСАНИЕ
Для строк GFF3 формы:
chr1 CDNA cDNA_match 69388 69593 0 -. Dbxref = Sorghum_CDNA: Contig_448; Цель = Contig_448 75 295 +
то есть, у которых есть атрибуты Target и Dbxref, этот скрипт извлекает Dbxref
value и распечатывает список частей базы данных и доступа значения Dbxref. Этот
функциональность зависит от стандартного формата для значения Dbxref, где имя
база данных предшествует присоединению и разделяется двоеточием.
обоснование
Другой сценарий, gmod_make_gff_from_dbxref.pl, принимает список баз данных и доступа
(как в этом сценарии) и каталог файлов FASTA и создает файл GFF3, который
соответствует этим целям. Эти файлы используются для загрузки их в Chado перед
что результаты вычислительного анализа загружаются, чтобы гарантировать, что база данных имеет полную
картина проведенного анализа.
КОМАНДНАЯ СТРОКА ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Нет.
Используйте gmod_extract_dbxref_from_gff.plp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
