Это команда gmx-angle, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-angle - вычисление распределений и корреляций для углов и двугранных углов.
СИНТАКСИС
угол gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-од [<.xvg>]]
[-ов [<.xvg>]] [-из [<.xvg>]] [-от [<.xvg>]] [-ой [<.xvg>]]
[-ок [<.xvg>]] [Или [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [-xvg ] [Типа ]
[- [нет] все] [-ширина ] [- [нет] периодический]
[- [нет] чендлер] [- [нет] avercorr] [-acflen ]
[- [нет] нормализовать] [-P ] [-fitfn ]
[-beginfit ] [-эндфит ]
ОПИСАНИЕ
GMX угол вычисляет угловое распределение для ряда углов или двугранных углов.
С опцией -ов, вы можете построить средний угол группы углов как функцию
время. С -все вариант, первый график - средний, остальные - индивидуальные
углы.
Для -из вариант, GMX угол также вычисляет долю трансдиэдра (только для
двугранных) как функция времени, но это, вероятно, развлечение только для избранных.
С опцией -ок, вычисляется двугранная корреляционная функция.
Следует отметить, что индексный файл должен содержать тройки атомов для углов или атомов
четверки для двугранных. Если это не так, программа выйдет из строя.
С опцией Или, выгружается файл траектории, содержащий cos и sin выбранного двугранного угла.
углов, которые впоследствии могут быть использованы в качестве входных данных для анализа основных компонентов с использованием
GMX ковар.
Опция -от графики переходов между двугранными ротамерами кратности 3 и
-ой записывает гистограмму времени между такими переходами, предполагая, что вход
кадры траектории равномерно разнесены во времени.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (угол.ndx)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-од [<.xvg>] (angdist.xvg)
xvgr / xmgr файл
-ов [<.xvg>] (ангавер.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-из [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-от [<.xvg>] (дихтранс.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-ой [<.xvg>] (trhisto.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-ок [<.xvg>] (дикорр.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
Или [<.trr>] (традж.трр) (Опционально)
Траектория в портативном формате xdr
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
Типа (угол)
Тип анализируемого угла: угловой, двугранный, несобственный, райкерт-беллеманс
- [нет] все (Нет)
Постройте все углы отдельно в файле средних значений в порядке их появления в
индексный файл.
-ширина (1)
ширина бина (градусы) для расчета распределения
- [нет] периодический (да)
Печать двугранных углов по модулю 360 градусов
- [нет] чендлер (Нет)
Используйте корреляционную функцию Чендлера (N [trans] = 1, N [gauche] = 0), а не косинус.
корреляционная функция. Транс определяется как фи <-60 или фи> 60.
- [нет] avercorr (Нет)
Усредните корреляционные функции для отдельных углов / двугранных углов.
-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров
- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF
-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции
-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец
KNOWN ВОПРОСЫ
· Подсчет переходов работает только для двугранных с кратностью 3
Используйте gmx-angle онлайн с помощью сервисов onworks.net
