gmx-cluster - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-cluster - Кластерные структуры

СИНТАКСИС

кластер gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-дм [<.xpm>]] [-ом [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-расстояние [<.xvg>]] [-ев [<.xvg>]] [-конв. [<.xvg>]]
[-сз [<.xvg>]] [-тр [<.xpm>]] [-нтр [<.xvg>]]
[-клид [<.xvg>]] [-кл [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ]
[-e ] [-дт ] [-ту ] [-[Теперь]
[-xvg ] [- [нет] диста] [-уровни ]
[-отрезать ] [- [нет] подходит] [-Максимум ] [-пропускать ]
[- [нет] ср] [-вкл ] [-нст ] [-rmsmin ]
[-метод ] [-инструктировать ] [- [нет] двоичный]
[-M ] [-P ] [-семена ] [-нитр ]
[-нслучайный ] [-кТ ] [- [нет] pbc]

ОПИСАНИЕ

GMX кластер могут кластеризовать структуры, используя несколько различных методов. Расстояния между
структуры могут быть определены по траектории или считаны с .xpm матричный файл с
-дм вариант. Среднеквадратичное отклонение после подгонки или среднеквадратичное отклонение расстояний между парами атомов может быть
используется для определения расстояния между конструкциями.

одинарная связь: добавить структуру в кластер, если расстояние до любого элемента
кластер меньше чем выключение.

Джарвис Патрик: добавьте структуру в кластер, когда эта структура и структура в
кластера имеют друг друга в качестве соседей, и у них есть наименьшее P общие соседи. В
соседями структуры являются M ближайших структур или все структуры внутри выключение.

Монте-Карло: измените порядок матрицы RMSD с помощью Монте-Карло так, чтобы порядок кадров
использует минимально возможные приращения. Таким образом можно сделать гладкую
анимация, переходящая от одной конструкции к другой с максимально возможным (например) RMSD
между ними, однако промежуточные шаги должны быть как можно меньше. Приложения
может состоять в том, чтобы визуализировать потенциал ансамбля средней силы моделирования или тянущего
моделирование. Очевидно, что пользователь должен хорошо подготовить траекторию (например, не
наложение кадров). Конечный результат можно увидеть визуально, посмотрев на матрицу.
.xpm файл, который должен плавно меняться снизу вверх.

диагонализация: диагонализация матрицы RMSD.

gromos: используйте алгоритм, как описано в Дауре et и др. (Энгью. Химреагент Int. Издание 1999, 38пп
236-240). Подсчитайте количество соседей, используя отсечку, возьмите структуру с наибольшим количеством
соседи со всеми своими соседями как кластер и исключить его из пула кластеров.
Повторите эти действия для остальных структур в бассейне.

Когда алгоритм кластеризации назначает каждую структуру ровно одному кластеру (одиночному
linkage, Jarvis Patrick и gromos) и файл траектории, структура с
наименьшее среднее расстояние до других или средней конструкции или всех структур для
каждый кластер будет записан в файл траектории. При написании всех структур отделяйте
пронумерованные файлы создаются для каждого кластера.

Всегда записываются два выходных файла:

· -o записывает значения RMSD в левую верхнюю половину матрицы и графическое
изображение кластеров в нижней правой половине Когда -инструктировать = 1 графический
изображение черным, когда две структуры находятся в одном кластере. Когда -инструктировать > 1
для каждого кластера будут использоваться разные цвета.

· -g записывает информацию об используемых опциях и подробный список всех кластеров и
их члены.

Кроме того, можно записать ряд дополнительных выходных файлов:

· -расстояние пишет раздачу RMSD.

· -ев записывает собственные векторы диагонализации матрицы RMSD.

· -сз пишет размеры кластера.

· -тр записывает матрицу переходов чисел между парами кластеров.

· -нтр записывает общее количество переходов в каждый кластер или из него.

· -клид записывает номер кластера как функцию времени.

· -кл пишет среднее (с опцией -средний) или центральную структуру каждого кластера или пишет
нумерованные файлы с элементами кластера для выбранного набора кластеров (с опцией -вкл,
зависит от -нст и -rmsmin). Центром кластера является структура с
наименьшее среднее RMSD из всех остальных структур кластера.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-дм [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

Параметры для указания выходных файлов:

-ом [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-g [<.log>] (кластер.журнал)
Журнальный файл

-расстояние [<.xvg>] (rmsd-расст.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ев [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-конв. [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-сз [<.xvg>] (класт-размер.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-тр [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-нтр [<.xvg>] (класт-trans.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-клид [<.xvg>] (clust-id.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-кл [<.xtc / .trr / ...>] (кластеры.pdb) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

- [нет] диста (Нет)
Используйте RMSD расстояний вместо RMS отклонения

-уровни (40)
Дискретизируйте матрицу RMSD на этом количестве уровней

-отрезать (0.1)
Отсечка RMSD (нм) для двух соседних структур

- [нет] подходит (да)
Перед вычислением среднеквадратичного отклонения используйте аппроксимацию методом наименьших квадратов

-Максимум (-1)
Максимальный уровень в матрице RMSD

-пропускать (1)
Анализировать только каждый n-й кадр

- [нет] ср (Нет)
Записать среднюю iso-структуру для каждого кластера

-вкл (0)
Запишите структуры для этого количества кластеров в нумерованные файлы

-нст (1)
Записывайте все структуры только в том случае, если больше, чем это количество структур в кластере

-rmsmin (0)
минимальная среднеквадратичная разница с остальной частью кластера для записи структур

-метод (связь)
Метод определения кластеров: сцепление, Джарвис-Патрик, Монте-Карло,
диагонализация, громос

-инструктировать (1)
Минимальное количество структур в кластере для раскраски в .xpm файл

- [нет] двоичный (Нет)
Рассматривайте матрицу RMSD как состоящую из 0 и 1, где порог определяется выражением
-отрезать

-M (10)
Количество ближайших соседей, учитываемых для алгоритма Джарвиса-Патрика, 0 используется
выключение

-P (3)
Количество идентичных ближайших соседей, необходимое для формирования кластера

-семена (1993)
Начальное число случайных чисел для алгоритма кластеризации Монте-Карло: <= 0 означает генерировать

-нитр (10000)
Количество итераций для MC

-нслучайный (0)
Первые итерации для MC могут быть выполнены полностью случайным образом, чтобы перетасовать кадры.

-кТ (0.001)
Весовой коэффициент Больцмана для оптимизации Монте-Карло (ноль сворачивает в гору
шаги)

- [нет] pbc (да)
Проверка КПБ

Используйте gmx-cluster онлайн с помощью сервисов onworks.net