gmx-current - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-current - Расчет диэлектрической проницаемости и автокорреляционной функции тока

СИНТАКСИС

gmx текущий [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-o [<.xvg>]] [-кафе [<.xvg>]] [-дсп [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-мдж [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-дт ] [-[Теперь] [-xvg ]
[-ш ] [- [нет] без прыжка] [-eps ] [-bfit ]
[-это ] [-бвит ] [-евить ] [-тр ]
[-темп ]

ОПИСАНИЕ

GMX текущий инструмент для расчета текущей автокорреляционной функции,
соотношение вращательного и поступательного дипольных моментов системы, а
результирующая статическая диэлектрическая проницаемость. Для получения разумного результата индексная группа имеет
быть нейтральным. Кроме того, программа способна извлекать статическую проводимость.
от текущей автокорреляционной функции, если скорости заданы. Кроме того,
Подгонка Эйнштейна-Гельфанда может использоваться для получения статической проводимости.

Флаг -кафе для выхода текущей автокорреляционной функции и -mc пишет
соотношение вращательной и поступательной части дипольного момента в
соответствующий файл. Однако этот вариант доступен только для траекторий, содержащих
скорости. Параметры -ш и -тр отвечают за усреднение и интеграцию
автокорреляционные функции. Поскольку усреднение происходит путем смещения начальной точки через
траектории, смещение может быть изменено с помощью -ш для выбора некоррелированных
отправные точки. Ближе к концу статистическая погрешность растет и интеграция
корреляционная функция дает надежные значения только до определенной точки, в зависимости от
количество кадров. Опция -тр контролирует область учитываемого интеграла
для расчета статической диэлектрической проницаемости.

Опция -темп устанавливает температуру, необходимую для расчета статического диэлектрика.
постоянная.

Опция -eps контролирует диэлектрическую проницаемость окружающей среды для моделирования
используя Поле реакции или дипольные поправки суммирования Эвальда (-eps= 0 соответствует
граничные условия оловянная фольга).

- [нет] без прыжка разворачивает координаты, чтобы обеспечить свободное распространение. Это необходимо для получения
непрерывный поступательный дипольный момент, необходимый для аппроксимации Эйнштейна-Гельфанда. Результаты, достижения
по подгонке позволяют определить диэлектрическую проницаемость для системы заряженных
молекулы. Однако также можно извлечь диэлектрическую проницаемость из
флуктуации полного дипольного момента в свернутых координатах. Но этот вариант должен быть
использовать с осторожностью, так как только очень короткие промежутки времени соответствуют приближению
плотность молекул примерно постоянна, а средние значения уже сходятся.
На всякий случай диэлектрическую проницаемость следует рассчитывать с помощью
Метод Эйнштейна-Гельфанда для поступательной части диэлектрической проницаемости.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xvg>] (текущий.xvg)
xvgr / xmgr файл

-кафе [<.xvg>] (каф.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-дсп [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr / xmgr файл

-md [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr / xmgr файл

-мдж [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr / xmgr файл

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-ш (1000)
Сдвиг рамок усреднения корреляционных функций и среднеквадратичного
смещение.

- [нет] без прыжка (да)
Убирает скачки атомов по коробке.

-eps (0)
Диэлектрическая проницаемость окружающей среды. Нулевое значение соответствует
бесконечность (граничные условия оловянная фольга).

-bfit (100)
Начало аппроксимации прямой к МСД поступательной доли
дипольный момент.

-это (400)
Окончание аппроксимации прямой к МСД поступательной доли
дипольный момент.

-бвит (0.5)
Начало подбора текущей автокорреляционной функции к a * t ^ b.

-евить (5)
Конец подбора текущей автокорреляционной функции к a * t ^ b.

-тр (0.25)
Доля траектории, учитываемая при интеграле.

-темп (300)
Температура для вычисления эпсилон.

Используйте gmx-current онлайн с помощью сервисов onworks.net