Это команда gmx-disre, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-disre - Анализирует ограничения расстояния
СИНТАКСИС
gmx ужас [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-c [<.ndx>]] [-дс [<.xvg>]] [-in [<.xvg>]] [-дн [<.xvg>]]
[-дм [<.xvg>]] [-др [<.xvg>]] [-l [<.log>]] [-q [<.pdb>]]
[-x [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-дт ] [-[Теперь]
[-xvg ] [-топ ] [-максдр ]
[-уровни ] [- [нет] третий]
ОПИСАНИЕ
GMX пренебрегать вычисляет нарушения ограничений расстояния. Программа всегда вычисляет
мгновенные нарушения, а не усредненные по времени, потому что этот анализ выполняется с
траектории в дальнейшем нет смысла использовать усреднение по времени. Однако время
усредненные значения для каждого ограничения приводятся в файле журнала.
Индексный файл может использоваться для выбора определенных ограничений для печати.
Когда необязательный -q флаг получил .pdb файл раскрашен на сумму среднего
нарушения.
Когда -c задана опция, будет прочитан индексный файл, содержащий фреймы в вашем
траектория, соответствующая кластерам (определенным другим способом), которые вы хотите
анализировать. Для этих кластеров программа вычислит средние нарушения с использованием третьего
алгоритм усреднения мощности и распечатать их в файле журнала.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (виолет.ndx) (Опционально)
Индексный файл
-c [<.ndx>] (clust.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-дс [<.xvg>] (drsum.xvg)
xvgr / xmgr файл
-in [<.xvg>] (дравер.xvg)
xvgr / xmgr файл
-дн [<.xvg>] (drnum.xvg)
xvgr / xmgr файл
-дм [<.xvg>] (drmax.xvg)
xvgr / xmgr файл
-др [<.xvg>] (ост.xvg)
xvgr / xmgr файл
-l [<.log>] (дисрес.лог)
Журнальный файл
-q [<.pdb>] (виолет.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков
-x [<.xpm>] (матрица.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-топ (0)
Количество крупных нарушений, которые сохраняются в файле журнала на каждом этапе.
-максдр (0)
Нарушение максимального расстояния на выходе матрицы. Если меньше или равно 0, то максимум
будет определяться данными.
-уровни (20)
Количество уровней в выводе матрицы
- [нет] третий (да)
Используйте обратное усреднение третьей степени или линейное для вывода матрицы
Используйте gmx-disre онлайн с помощью сервисов onworks.net
