Это команда gmx-dump, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-dump - делает двоичные файлы удобочитаемыми
СИНТАКСИС
gmx дамп [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-ср [<.cpt>]] [-p [<.top>]] [-MTX [<.mtx>]] [-ом [<.mdp>]]
[- [нет] номер] [- [нет] sys]
ОПИСАНИЕ
GMX дамп читает файл ввода запуска (.tpr), траектория (.трр/.xtc// тнг), энергетический файл
(.edr) или файл контрольной точки (.cpt) и выводит его на стандартный вывод в читаемом
формат. Эта программа необходима для проверки входного файла запуска в случае возникновения проблем.
Программа также может предварительно обработать топологию для поиска проблем. Обратите внимание, что в настоящее время
установка ГМXLIB это единственный способ настроить каталоги, используемые для поиска включаемых файлов.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр) (Опционально)
Входной файл Portable xdr run
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-e [<.edr>] (энерг.эдр) (Опционально)
Энергетический файл
-ср [<.cpt>] (состояние.cpt) (Опционально)
Файл контрольной точки
-p [<.top>] (топол. верх) (Опционально)
Файл топологии
-MTX [<.mtx>] (гессен.mtx) (Опционально)
Гессенская матрица
Параметры для указания выходных файлов:
-ом [<.mdp>] (громпп.mdp) (Опционально)
входной файл grompp с параметрами MD
Другие варианты:
- [нет] номер (да)
Показывать номера индексов в выводе (их отсутствие упрощает сравнение, но создает
бесполезная топология)
- [нет] sys (Нет)
Составьте список атомов и связанных взаимодействий для всей системы, а не для каждой
тип молекулы
KNOWN ВОПРОСЫ
· Выходной сигнал ограничения положения из -sys -s нарушен
Использовать gmx-dump онлайн через сервисы onworks.net
