gmx-editconf - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-editconf - преобразование файлов структуры и управление ими.

СИНТАКСИС

gmx редактироватьконфиг [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-БФ [<.dat>]]
[-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-мед [<.pqr>]] [-[Теперь]
[- [нет] ndef] [-бт ] [-Box ]
[-углы ] [-d ] [- [нет] c]
[-центр ] [-aligncenter ]
[-выровнять ] [-перевести ]
[-поворот ] [- [нет] принц] [-масштаб ]
[-плотность ] [- [нет] pbc] [-resnr ] [- [нет] понять]
[-rvdw ] [- [нет] sig56] [- [нет] vdwread] [- [нет] атом]
[- [нет] легенды] [-этикетка ] [- [нет] конект]

ОПИСАНИЕ

GMX редактироватьконф преобразует общий формат структуры в .гро, .g96 or .pdb.

Коробку можно изменить с помощью параметров -Box, -d и -углы. Оба -Box и -d будет в центре
система в коробке, если -нок используется.

Опция -бт определяет тип коробки: триклинный это триклиническая коробка, кубический прямоугольный
коробка со всеми равными сторонами додекаэдр представляет собой ромбический додекаэдр и октаэдр is
усеченный октаэдр. Последние два являются частными случаями триклинического бокса. Длина
три прямоугольных вектора усеченного октаэдра - это кратчайшее расстояние между двумя
противоположные шестиугольники. По отношению к кубическому ящику с некоторым периодическим расстоянием между изображениями объем
додекаэдра с таким же периодическим расстоянием в 0.71 раза больше, чем у куба, и
у усеченного октаэдра 0.77 раза.

Опция -Box требует только одно значение для кубического, ромбического додекаэдра или усеченного
восьмигранный ящик.

В -d и еще один триклинный коробка размер системы в x-, y-, а также z-направления
используемый. С -d и кубический, додекаэдр or октаэдр коробки, размеры устанавливаются в
диаметр системы (наибольшее расстояние между атомами) плюс удвоенное указанное расстояние.

Опция -углы имеет смысл только с опцией -Box и триклинический бокс и не могут быть использованы
с опцией -d.

После появления -n or -ndef установлен, можно выбрать группу для расчета размера и
геометрический центр, иначе используется вся система.

-поворот вращает координаты и скорости.

-принк выравнивает главные оси системы по осям координат, с наибольшей длиной
ось выровнена с x-ось. Это может позволить вам уменьшить объем коробки, но будьте осторожны.
что молекулы могут значительно вращаться за наносекунду.

Масштабирование применяется до выполнения любых других операций. Ящики и координаты
можно масштабировать для придания определенной плотности (опция -плотность). Обратите внимание, что это может быть
неточно в случае .гро файл предоставляется в качестве входных данных. Особенность опции масштабирования
состоит в том, что когда коэффициент -1 задан в одном измерении, получается зеркальное отображение, зеркальное отражение
в одном из самолетов. Когда используется -1 в трех измерениях, точечное зеркальное отображение
получен.

Группы выбираются после выполнения всех операций.

Периодичность можно убрать грубо. Важно, чтобы прямоугольные векторы в
нижняя часть вашего входного файла верна, когда периодичность должна быть удалена.

При написании .pdb файлов, B-факторы могут быть добавлены с помощью -БФ вариант. B-факторы читаются
из файла следующего формата: в первой строке указано количество записей в файле,
в следующих строках указывается индекс, за которым следует B-фактор. B-факторы будут прикреплены к
остаток, если индекс не превышает количество остатков или если -атом вариант
установлен. Очевидно, что вместо B-факторов можно добавить числовые данные любого типа. -легенда
будет производить ряд атомов CA с B-факторами в диапазоне от минимального до максимального
найденное значение, фактически создавая легенду для просмотра.

С опцией -мед специальный .pdb Файл (.pqr) для электростатической программы MEAD
(Решатель Пуассона-Больцмана). Еще одним предварительным условием является то, что входной файл является
запустить входной файл. Затем поле B-фактора заполняется радиусом Ван-дер-Ваальса
атомы, в то время как заполненное поле будет удерживать заряд.

Опция -понять аналогичен, но он помещает заряды в B-фактор и радиус в
заполняемость.

Опция -выровнять позволяет выровнять главную ось указанной группы относительно
заданный вектор с необязательным центром вращения, заданным как -aligncenter.

Наконец, с опцией -этикетка, редактироватьконф может добавить идентификатор цепочки в .pdb файл, который может
быть полезными для анализа, например, с помощью Расмола.

Чтобы преобразовать усеченный файл октраэдра, созданный пакетом, который использует кубический блок с
углы срезанные (например, ГРОМОС) используйте:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

в котором Veclen размер кубического ящика, умноженный на SQRT(3) / 2.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (конф.гро)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-БФ [<.dat>] (bfact.dat) (Опционально)
Файл общих данных

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.gro / .g96 / ...>] (вне.гро) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно

-мед [<.pqr>] (мед.pqr) (Опционально)
Файл координат для MEAD

Другие варианты:

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

- [нет] ndef (Нет)
Выберите вывод из групп индексов по умолчанию

-бт (триклиника)
Тип коробки для -Box и -d: триклинный, кубический, додекаэдр, октаэдр

-Box (0 0 0)
Длина прямоугольного вектора (a, b, c)

-углы (90 90 90)
Углы между прямоугольными векторами (bc, ac, ab)

-d (0)
Расстояние между растворенным веществом и коробкой

- [нет] c (Нет)
Центральная молекула в коробке (подразумевается -Box и -d)

-центр (0 0 0)
Координаты геометрического центра

-aligncenter (0 0 0)
Центр вращения для выравнивания

-выровнять (0 0 0)
Выровнять по целевому вектору

-перевести (0 0 0)
Переводы

-поворот (0 0 0)
Поворот вокруг осей X, Y и Z в градусах

- [нет] принц (Нет)
Ориентируйте молекулу (ы) вдоль их главных осей.

-масштаб (1 1 1)
Коэффициент масштабирования

-плотность (1000)
Плотность (г / л) выходного окна, полученная путем масштабирования

- [нет] pbc (Нет)
Убрать периодичность (снова сделать молекулу целым)

-resnr (-1)
Перенумеровать остатки, начиная с resnr

- [нет] понять (Нет)
Сохраните заряд атома в поле B-фактора и радиус атома в
поле занятости

-rvdw (0.12)
Радиус Ван-дер-Ваальса по умолчанию (в нм), если его нет в базе данных или если
в файле топологии нет параметров

- [нет] sig56 (Нет)
Используйте rmin / 2 (минимум в потенциале Ван-дер-Ваальса) вместо sigma / 2

- [нет] vdwread (Нет)
Прочтите радиусы Ван-дер-Ваальса из файла vdwradii.dat вместо того, чтобы вычислять
радиусы на основе силового поля

- [нет] атом (Нет)
Сила присоединения B-фактора на атом

- [нет] легенды (Нет)
Сделать легенду B-фактора

-этикетка (A)
Добавьте метку цепи для всех остатков

- [нет] конект (Нет)
Добавить записи CONECT в .pdb файл при записи. Может быть выполнено только в том случае, если топология
представить

KNOWN ВОПРОСЫ

· Для сложных молекул процедура удаления периодичности может нарушиться, в этом случае вы
могут воспользоваться GMX трджконв.

Используйте gmx-editconf в Интернете с помощью сервисов onworks.net