gmx-mdrun - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-mdrun - Выполните моделирование, выполните анализ в нормальном режиме или минимизируйте энергию

СИНТАКСИС

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-цена на дюйм [<.cpt>]] [-Таблица [<.xvg>]]
[-таблетка [<.xvg>]] [-стол [<.xvg>]] [-таблица [<.xvg>]]
[-повторный запуск [<.xtc / .trr / ...>]] [-эй [<.edi>]]
[-мультидир [ [...]]] [-меблированный [<.dat>]] [-МП [<.top>]]
[-мн [<.ndx>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-ЦПО [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-field [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-эо [<.xvg>]]
[-развивающий [<.xvg>]] [-рунав [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-ПФ [<.xvg>]] [-ро [<.xvg>]] [-лягушка [<.log>]] [-рс [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-MTX [<.mtx>]] [-дн [<.ndx>]]
[-если [<.xvg>]] [-поменять местами [<.xvg>]] [-деффнм ]
[-xvg ] [-дд ] [-ddorder ]
[-нпме ] [-нт ] [-нтмпи ] [-нтомп ]
[-ntomp_pme ] [-Контактный ] [-pinoffset ]
[-пинстрид ] [-gpu_id ] [- [нет] ddcheck]
[-рдд ] [-rcon ] [-длб ] [-ддс ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [- [нет] tunepme]
[- [нет] v] [- [нет] компактный] [-pforce ] [- [нет] повторять]
[-cpt ] [- [no] cpnum] [- [нет] добавить] [-шаги ]
[-макс ] [-Multi ] [-реплекс ] [-nex ]
[-сад ]

ОПИСАНИЕ

GMX мдрун является основным механизмом вычислительной химии в GROMACS. Очевидно, это
выполняет моделирование молекулярной динамики, но также может выполнять стохастическую динамику,
Минимизация энергии, введение пробных частиц или (повторный) расчет энергий. Нормальный режим
анализ - другой вариант. В этом случае мдрун строит матрицу Гессе из одного
конформация. Для обычных расчетов, подобных нормальным режимам, убедитесь, что структура
при условии, что энергия минимизирована. Сгенерированную матрицу можно диагонализовать следующим образом: GMX
Nmeig.

Команда мдрун программа читает входной файл запуска (-s) и распределяет топологию по рангам, если
необходимо. мдрун создает не менее четырех выходных файлов. Один файл журнала (-g) написано.
Файл траектории (-o), содержит координаты, скорости и, возможно, силы. В
файл структуры (-c) содержит координаты и скорости последнего шага. Энергия
файл (-e) содержит энергии, температуру, давление и т. д., многие из этих вещей
также печатается в файле журнала. При желании координаты могут быть записаны в сжатый
файл траектории (-x).

Опция -dhdl используется только тогда, когда включен расчет свободной энергии.

Эффективный параллельный запуск mdrun - сложная тема, многие аспекты которой
рассматривается в интерактивном руководстве пользователя. Вы должны найти там практические советы по использованию многих
из опций, доступных в mdrun.

Отбор проб ED (существенная динамика) и / или дополнительные потенциалы затопления включаются
используя -эй флаг, за которым следует .edi файл. .edi файл может быть создан с
make_edi инструмент или с помощью параметров в меню essdyn программы WHAT IF. мдрун
производит .xvg выходной файл, содержащий проекции положений, скоростей и сил
на выбранные собственные векторы.

Когда пользовательские потенциальные функции были выбраны в .mdp подать -Таблица
опция используется для передачи мдрун форматированная таблица с потенциальными функциями. Файл читается
из текущего каталога или из ГМXLIB каталог. Ряд предварительно отформатированных
таблицы представлены в ГМXLIB реж, для 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Леннард-Джонс
потенциалы с нормальным кулоном. При наличии парных взаимодействий отдельная таблица для
функции парного взаимодействия считываются с помощью -стол опцию.

Когда в топологии присутствуют объединенные в таблицу функции, функции взаимодействия
читать с помощью -таблица вариант. Для каждого отдельного табличного типа взаимодействия таблица
имя файла изменяется по-другому: перед расширением файла ставится подчеркивание
, затем буква «b» для связей, «a» для углов или «d» для двугранных углов и, наконец,
номер таблицы типа взаимодействия.

Варианты -px и -ПФ используются для записи координат тягового СОМ и сил при вытягивании
выбрано в .mdp .

Наконец, можно протестировать некоторые экспериментальные алгоритмы, когда соответствующие параметры были выбраны.
данный. В настоящее время исследуются: поляризуемость.

Опция -меблированный делает то, что раньше было g_membed, то есть встраивает белок в мембрану.
Для этого модуля требуется ряд настроек, которые представлены в файле данных, который
аргумент этой опции. Подробнее о встраивании мембран см. Документацию в
руководство пользователя. Варианты -мн и -МП используются для предоставления файлов индекса и топологии
используется для встраивания.

Опция -pforce полезно, когда вы подозреваете, что симуляция вылетает из-за слишком большого
силы. С этой опцией координаты и силы атомов с силой больше, чем
определенное значение будет напечатано в stderr.

Контрольные точки, содержащие полное состояние системы, записываются через регулярные промежутки времени.
(вариант -cpt) в файл -ЦПО, если не вариант -cpt установлен на -1. Предыдущая контрольная точка
резервное копирование на state_prev.cpt чтобы убедиться, что последнее состояние системы всегда
доступен, даже если моделирование прекращено во время записи контрольной точки. С участием -cpnum
все файлы контрольных точек сохраняются, и к ним добавляется номер шага. Моделирование может быть
продолжил чтением полного состояния из файла с опцией -цена на дюйм. Этот вариант умный
таким образом, что если файл контрольной точки не найден, GROMACS просто предполагает нормальный запуск и
начинается с первого шага .tpr файл. По умолчанию вывод будет добавлен к
существующие выходные файлы. Файл контрольной точки содержит контрольные суммы всех выходных файлов,
таким образом, вы никогда не потеряете данные при изменении, повреждении или повреждении некоторых выходных файлов.
удаленный. Есть три сценария с -цена на дюйм:

* нет файлов с совпадающими именами: записываются новые выходные файлы

* все файлы присутствуют с именами и контрольными суммами, соответствующими тем, которые хранятся в контрольной точке
файл: файлы добавляются

* в противном случае файлы не изменяются и генерируется фатальная ошибка

В -нет добавления открываются новые выходные файлы, и номер детали моделирования добавляется ко всем
имена выходных файлов. Обратите внимание, что во всех случаях сам файл контрольной точки не переименовывается и
будет перезаписан, если его имя не совпадает с -ЦПО опцию.

При установке контрольной точки вывод добавляется к ранее записанным файлам вывода, если только
-нет добавления используется или нет ни одного из предыдущих выходных файлов (кроме
файл контрольной точки). Целостность добавляемых файлов проверяется с помощью контрольных сумм.
которые хранятся в файле контрольной точки. Это гарантирует, что вывод не может быть перепутан или
поврежден из-за добавления файла. Когда присутствуют только некоторые из предыдущих выходных файлов,
генерируется фатальная ошибка, старые файлы вывода не изменяются, а новые файлы вывода отсутствуют
открыты. Результат с добавлением будет таким же, как и при однократном запуске. В
содержимое будет двоично идентичным, если вы не используете другое количество рангов или динамическое
балансировка нагрузки или библиотека БПФ использует оптимизацию по времени.

С опцией -макс симуляция завершается, и файл контрольной точки записывается при первом
шаг поиска соседей, время выполнения которого превышает -макс* 0.99 часов. Этот вариант
особенно полезно в сочетании с настройкой nшагов до -1 либо в mdp, либо с помощью
параметр командной строки с таким же названием. Это приводит к бесконечному запуску, только прекращающемуся.
когда срок установлен -макс достигается (если есть) или при получении сигнала.

После появления мдрун получает сигнал TERM, он установит nsteps равным текущему шагу плюс один. Когда
мдрун получает сигнал INT (например, при нажатии ctrl + C), он остановится после следующего
шаг поиска соседей (на следующем шаге nstlist = 0). В обоих случаях все как обычно.
вывод будет записан в файл. При работе с MPI сигнал на один из мдрун ряды
достаточно, этот сигнал не следует отправлять в mpirun или мдрун процесс, который
родитель остальных.

Интерактивная молекулярная динамика (IMD) может быть активирована с помощью хотя бы одного из трех
Переключатели IMD: -немедленный срок переключатель позволяет завершить моделирование с
молекулярная программа просмотра (например, VMD). С участием -Я жду, мдрун делает паузу, когда нет клиента IMD
связаны. Вытягивание с пульта IMD ​​можно включить с помощью -imdpull. Порт мдрун
слушает может быть изменено -импорт.Файл, на который указывает -если содержит индексы атомов и
сил, если используется IMD-вытягивание.

После появления мдрун запускается с MPI, по умолчанию он не запускается.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run

-цена на дюйм [<.cpt>] (состояние.cpt) (Опционально)
Файл контрольной точки

-Таблица [<.xvg>] (таблица.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-таблетка [<.xvg>] (таблеткаf.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-стол [<.xvg>] (таблицаp.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-таблица [<.xvg>] (таблица.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-повторный запуск [<.xtc / .trr / ...>] (повторный запуск.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-эй [<.edi>] (сам.еди) (Опционально)
Вход для отбора проб ED

-мультидир [ [...]] (рундир) (Опционально)
Каталог запуска

-меблированный [<.dat>] (members.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-МП [<.top>] (член. наверху) (Опционально)
Файл топологии

-мн [<.ndx>] (член.ndx) (Опционально)
Индексный файл

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.trr / .cpt / ...>] (традж.трр)
Полная точность траектории: TRR CPT тнг

-x [<.xtc / .tng>] (traj_comp.xtc) (Опционально)
Сжатая траектория (формат tng или портативный формат xdr)

-ЦПО [<.cpt>] (состояние.cpt) (Опционально)
Файл контрольной точки

-c [<.gro / .g96 / ...>] (confout.gro)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно

-e [<.edr>] (энерг.эдр)
Энергетический файл

-g [<.log>] (мд.лог)
Журнальный файл

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-field [<.xvg>] (поле.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-эо [<.xvg>] (edsam.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-развивающий [<.xvg>] (девиати.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-рунав [<.xvg>] (runaver.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ПФ [<.xvg>] (pullf.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ро [<.xvg>] (Rotation.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-лягушка [<.log>] (rotangles.log) (Опционально)
Журнальный файл

-рс [<.log>] (rotslabs.log) (Опционально)
Журнальный файл

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Опционально)
Журнальный файл

-MTX [<.mtx>] (нм.mtx) (Опционально)
Гессенская матрица

-дн [<.ndx>] (диполь.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-если [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-поменять местами [<.xvg>] (свопионс.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-деффнм
Установите имя файла по умолчанию для всех параметров файла

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-дд (0 0 0)
Сетка декомпозиции домена, 0 - оптимизация

-ddorder (чередование)
Порядок ранжирования DD: чередование, pp_pme, декартово

-нпме (-1)
Количество отдельных рангов, которые будут использоваться для PME, -1 - предположение

-нт (0)
Общее количество потоков для запуска (0 - предположение)

-нтмпи (0)
Количество потоков MPI для запуска (0 - предположение)

-нтомп (0)
Количество потоков OpenMP для каждого ранга MPI для запуска (0 - предположение)

-ntomp_pme (0)
Количество потоков OpenMP для каждого ранга MPI для запуска (0 - это -ntomp)

-Контактный (авто)
Должен ли mdrun пытаться установить сходство потоков: auto, on, off

-pinoffset (0)
Самый низкий логический номер ядра, к которому mdrun должен прикрепить первый поток

-пинстрид (0)
Расстояние закрепления в логических ядрах для потоков, используйте 0, чтобы минимизировать количество
потоков на физическое ядро

-gpu_id
Список используемых идентификаторов устройств с графическим процессором, указывает ранг PP для каждого узла в сопоставление с графическим процессором.

- [нет] ddcheck (да)
Проверить все связанные взаимодействия с DD

-рдд (0)
Максимальное расстояние для связанных взаимодействий с DD (нм), 0 определяется из
начальные координаты

-rcon (0)
Максимальное расстояние для P-LINCS (нм), 0 - оценка

-длб (авто)
Динамическая балансировка нагрузки (с DD): авто, нет, да

-ддс (0.8)
Дробь в (0,1), обратной величиной которой будет увеличиваться начальный размер ячейки DD в
чтобы обеспечить запас, в котором может действовать динамическая балансировка нагрузки при сохранении
минимальный размер ячейки.

-gcom (-1)
Частота глобальной связи

-nb (авто)
Расчет несвязанных взаимодействий для: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
Установите nstlist при использовании допуска буфера Верле (0 - предположение)

- [нет] tunepme (да)
Оптимизация нагрузки PME между рангами PP / PME или GPU / CPU

- [нет] v (Нет)
Будь громким и шумным

- [нет] компактный (да)
Напишите компактный файл журнала

-pforce (-1)
Выведите все силы больше, чем это (кДж / моль · нм)

- [нет] повторять (Нет)
Старайтесь избегать оптимизаций, влияющих на двоичную воспроизводимость.

-cpt (15)
Интервал контрольной точки (минуты)

- [no] cpnum (Нет)
Хранить и нумеровать файлы контрольных точек

- [нет] добавить (да)
Добавлять к предыдущим выходным файлам при продолжении с контрольной точки вместо добавления
номер детали моделирования ко всем именам файлов

-шаги (-2)
Выполнить это количество шагов, переопределяет параметр файла .mdp (-1 означает бесконечность, -2 означает
используйте опцию mdp, меньше недопустимо)

-макс (-1)
Завершить через 0.99 раза в этот раз (часы)

-Multi (0)
Параллельно выполняйте несколько симуляций

-реплекс (0)
Периодически пытайтесь обмениваться репликами с этим периодом (шаги)

-nex (0)
Количество случайных обменов для выполнения каждого интервала обмена (N ^ 3 - один
предположение). -nex ноль или не указано, дает обмен репликами соседей.

-сад (-1)
Seed для обмена репликами, -1 генерирует начальное число

Используйте gmx-mdrun онлайн с помощью сервисов onworks.net