gmx-rmsf - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-rmsf - Расчет атомных флуктуаций

СИНТАКСИС

gmx рмсф [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-ОК [<.pdb>]] [-бык [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-од [<.xvg>]] [-ок [<.xvg>]] [-дир [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-дт ] [-[Теперь] [-xvg ] [- [нет] res]
[- [нет] анисо] [- [нет] подходит]

ОПИСАНИЕ

GMX среднеквадратичное отклонение вычисляет среднеквадратичное отклонение (RMSF, т. е. стандартное отклонение)
позиции атомов на траектории (поставляется с -f) после (необязательно) установки на
опорная рамка (поставляется с -s).

С опцией -ОК значения RMSF преобразуются в значения B-фактора, которые записываются в
.pdb файл с координатами, файла структуры или .pdb файл, когда -q is
указано. Вариант -бык записывает B-факторы в файл со средними координатами.

С опцией -од среднеквадратичное отклонение относительно эталонной структуры
рассчитывается.

С опцией -анисо, GMX среднеквадратичное отклонение вычислит анизотропные температурные факторы, а затем
также выведет средние координаты и .pdb файл с записями ANISOU (соответствующие
-ОК or -бык вариант). Обратите внимание, что значения U зависят от ориентации, поэтому перед
сравнивая с экспериментальными данными, вы должны убедиться, что вы подходите к экспериментальным данным.
координаты.

Когда .pdb входной файл передается в программу, и -анисо установлен флаг корреляции
график Uij будет создан, если какие-либо анизотропные температурные факторы присутствуют в
.pdb .

С опцией -дир матрица среднего MSF (3x3) диагонализована. Это показывает направления
в котором атомы колеблются больше всего и меньше всего.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков

Параметры для указания выходных файлов:

-ОК [<.pdb>] (bfac.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков

-бык [<.pdb>] (xaver.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr / xmgr файл

-од [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ок [<.xvg>] (коррел.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-дир [<.log>] (rmsf.log) (Опционально)
Журнальный файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

- [нет] res (Нет)
Рассчитайте средние значения для каждого остатка

- [нет] анисо (Нет)
Вычислить анизотропные температурные факторы

- [нет] подходит (да)
Перед вычислением RMSF выполните суперпозицию методом наименьших квадратов. Без этого вы должны сделать
убедитесь, что опорная структура и траектория совпадают.

Используйте gmx-rmsf онлайн с помощью сервисов onworks.net