Это команда gmx-saltbr, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-saltbr - Вычисление солевых мостиков
СИНТАКСИС
gmx сольбр [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-t ] [- [нет] сен]
ОПИСАНИЕ
GMX соль отображает расстояние между всеми комбинациями заряженных групп как функцию
время. Группы объединяются по-разному. Можно указать минимальное расстояние (т. Е.
отсечка), так что группы, которые никогда не будут ближе, чем это расстояние, не будут нанесены.
Вывод будет в нескольких фиксированных именах файлов, мин-мин. xvg, плюс-мин. xvg и
плюс-плюс.xvg, или файлы для каждой отдельной ионной пары, если -сеп выбран вариант. В
в этом случае файлы называются sb- (Resname) (Resnr) - (Atomnr), Может быть многих такие файлы.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-t (1000)
Группы, которые никогда не находятся ближе, чем это расстояние, не отображаются.
- [нет] сен (Нет)
Используйте отдельные файлы для каждого взаимодействия (может быть МНОГО)
Используйте gmx-saltbr онлайн с помощью сервисов onworks.net
