Это команда gmx-sasa, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-sasa - Вычислить доступную для растворителя площадь поверхности
СИНТАКСИС
gmx саса [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-одг [<.xvg>]] [Или [<.xvg>]] [-оа [<.xvg>]]
[-телевидение [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-ту ] [-xvg ] [- [нет] rmpbc]
[- [нет] pbc] [-sf ] [-селрпос ] [-зонд ]
[-точки ] [- [нет] прот] [-dgs ]
[-поверхностью ] [-выход ]
ОПИСАНИЕ
GMX Sasa вычисляет доступные для растворителя площади поверхности. См. Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
П., Сандер С. и Шарф М. (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 для используемого алгоритма. С участием
-q, поверхность Коннолли также может быть сгенерирована в .pdb файл, в котором находятся узлы
представлены в виде атомов, а рёбра, соединяющие ближайшие узлы, в виде записей CONECT. -одг
позволяет оценить свободные энергии сольватации из энергии сольватации, приходящейся на один атом.
открытая площадь поверхности.
Программа требует, чтобы выбор для расчета поверхности был задан с помощью
-поверхностью. Он всегда должен состоять из всех атомов системы, не являющихся растворителями. Площадь
эта группа всегда рассчитывается. Необязательно, -выход можно указать дополнительные варианты выбора,
которые должны быть подмножествами расчетной группы. Доступные для растворителя области для этих
группы также извлекаются со всей поверхности.
Среднее и стандартное отклонение площади по траектории можно рассчитать по
остаток и атом (варианты Или и -оа).
Для -телевидение По желанию можно вычислить общий объем и плотность молекулы. С участием
-пбк (по умолчанию), вы должны убедиться, что ваша молекула / группа поверхности не разделена
КПБ. В противном случае вы получите бессмысленный результат. Пожалуйста, также подумайте, есть ли
В этом случае подходит нормальный радиус зонда или если вы предпочитаете использовать, например, 0.
Следует иметь в виду, что результаты по объему и плотности очень приблизительны.
Например, в порах льда Ih можно легко поместить молекулы воды в поры, что даст
объем слишком мал, а площадь поверхности и плотность слишком велики.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Опционально)
Входная траектория или одиночная конфигурация: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура ввода: TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Дополнительные группы индексов
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (площадь.xvg)
Общая площадь как функция времени
-одг [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Опционально)
Оценка свободной энергии сольватации как функция времени
Или [<.xvg>] (resarea.xvg) (Опционально)
Средняя площадь на остаток
-оа [<.xvg>] (атомареа.xvg) (Опционально)
Средняя площадь на атом
-телевидение [<.xvg>] (объем.xvg) (Опционально)
Общий объем и плотность как функция времени
-q [<.pdb>] (коннолли.pdb) (Опционально)
PDB файл для поверхности Коннолли
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте фрейм, только если t MOD dt == первый раз (пс)
-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (хмгрэйс)
Форматирование графика: none, xmgrace, xmgr
- [нет] rmpbc (да)
Сделайте молекулы целыми для каждого кадра
- [нет] pbc (да)
Используйте периодические граничные условия для расчета расстояния
-sf
Предоставлять выбор из файлов
-селрпос (атом)
Позиции ссылок выбора: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
весь_рес_ком, весь_рес_сог, весь_мол_ком, весь_мол_ком, часть_рес_ком,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-зонд (0.14)
Радиус зонда растворителя (нм)
-точки (24)
Количество точек на сферу, чем больше точек, тем выше точность
- [нет] прот (да)
Отправьте белок в Коннолли .pdb файл тоже
-dgs (0)
Значение по умолчанию для свободной энергии сольватации на площадь (кДж / моль / нм ^ 2)
-поверхностью
Выбор расчета поверхности
-выход
Выбор (ы) выхода
Используйте gmx-sasa онлайн с помощью сервисов onworks.net
