Это команда gmx-solvate, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-solvate - Сольватировать систему
СИНТАКСИС
gmx сольват [-ср [<.gro / .g96 / ...>]] [-cs [<.gro / .g96 / ...>]]
[-p [<.top>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-Box ]
[-радиус ] [-масштаб ] [-оболочка ]
[-максол ] [-[Роман]
ОПИСАНИЕ
GMX сольват может делать одно из двух:
1) Создайте коробку с растворителем. Указать -cs и -Box. Или укажите -cs и -ср с
файл структуры с коробкой, но без атомов.
2) Сольватируйте растворенную конфигурацию, например белок, в ванне молекул растворителя. Указать
-ср (растворенное вещество) и -cs (растворитель). Поле, указанное в файле координат растворенного вещества (-ср) является
используется, если -Box установлен. Если вы хотите, чтобы растворенное вещество находилось в центре коробки, программа
GMX редактироватьконф имеет сложные опции для изменения размеров коробки и центрирования растворенного вещества.
Молекулы растворителя удаляются из ящика, где расстояние между любым атомом
молекулы растворенного вещества и любой атом молекулы растворителя меньше суммы масштабированных
ван-дер-ваальсовы радиусы обоих атомов. База данных (vdwradii.dat) ван-дер-ваальсовых радиусов равна
считываются программой, а полученные радиусы масштабируются на -масштаб. Если радиусы не найдены в
база данных, этим атомам назначается (предварительно масштабированное) расстояние -радиус.
Растворителем по умолчанию является вода для простой точечной заправки (SPC) с координатами из
$ GMXLIB / spc216.gro. Эти координаты также могут быть использованы для других трехуровневых моделей воды,
так как короткое уравновешивание устранит небольшие различия между моделями. Другой
также поддерживаются растворители, а также смешанные растворители. Единственное ограничение на растворитель
типов состоит в том, что молекула растворителя состоит ровно из одного остатка. Информация об остатках
в файлах координат, и поэтому должен быть более или менее согласованным. В
на практике это означает, что две последующие молекулы растворителя в файле координат растворителя
должен иметь другой номер остатка. Коробка с растворенным веществом создается путем штабелирования
координаты считываются из файла координат. Это означает, что эти координаты должны быть
выравнивается в периодических граничных условиях, чтобы обеспечить хорошее выравнивание молекул на
стекирование интерфейсов. В -максол опция просто добавляет только первый -максол растворитель
молекул и не учитывает остальные, которые поместились бы в коробку. Это может создать
void, что может вызвать проблемы позже. Выбирайте громкость с умом.
настройка -оболочка больше нуля поместит слой воды указанной толщины
(нм) вокруг растворенного вещества. Совет: лучше положить белок в центр коробки.
первый (используя GMX редактироватьконф).
Наконец, GMX сольват при желании удалит строки из вашего файла топологии, в которых
количество молекул растворителя уже добавлено, и добавляется строка с общим количеством
молекулы растворителя в вашем файле координат.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-ср [<.gro / .g96 / ...>] (протеин.gro) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR
-cs [<.gro / .g96 / ...>] (spc216.gro) (Библиотека)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR
Параметры для указания файлов ввода / вывода:
-p [<.top>] (топол. верх) (Опционально)
Файл топологии
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (вне.гро)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно
Другие варианты:
-Box (0 0 0)
Размер коробки (в нм)
-радиус (0.105)
Расстояние Ван-дер-Ваальса по умолчанию
-масштаб (0.57)
Масштабный коэффициент для умножения радиусов Ван-дер-Ваальса из базы данных в
поделиться / gromacs / top / vdwradii.dat. Значение по умолчанию 0.57 дает плотность, близкую к
1000 г / л белков в воде.
-оболочка (0)
Толщина дополнительного водного слоя вокруг растворенного вещества
-максол (0)
Максимальное количество добавляемых молекул растворителя, если они помещаются в коробку. Если ноль
(по умолчанию) игнорируется
-[Роман (Нет)
Сохраняйте скорости от входящего растворенного вещества и растворителя
KNOWN ВОПРОСЫ
· Молекулы в исходной конфигурации должны быть целыми.
Используйте gmx-solvate онлайн с помощью сервисов onworks.net
