gmx-trjconv - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-trjconv - Преобразование файлов траектории и управление ими.

СИНТАКСИС

gmx trjconv [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-пт [<.ndx>]] [-под [<.ndx>]] [капля [<.xvg>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ] [-e ]
[-ту ] [-[Теперь] [-xvg ] [-пропускать ]
[-дт ] [- [нет] раунд] [-дамп ] [-т0 ]
[-шаг времени ] [-пбк ] [-ур ]
[- [нет] центр] [-боксцентр ] [-Box ]
[-транс ] [-сдвиг ] [-соответствовать ]
[-ндец ] [-[Роман] [- [нет] силы] [-trunc ]
[-Exec ] [-Трещина ] [- [нет] сен]
[-nzero ] [-бросить ] [-капитание ]
[- [нет] конект]

ОПИСАНИЕ

GMX трджконв может конвертировать файлы траектории разными способами:

· Из одного формата в другой

· Выбрать подмножество атомов

· Изменить представление периодичности

· Удерживают мультимерные молекулы вместе

· Центральные атомы в коробке

· Подогнать атомы к базовой структуре

· Уменьшить количество кадров

· Изменить временные метки кадров (-т0 и -шаг времени)

· Разрезать траекторию на небольшие субтраектории в соответствии с информацией в индексном файле.
Это позволяет последующий анализ субтраекторий, которые могут, например, быть
результат кластерного анализа. Вариант использования -под. Это предполагает, что записи в
индексный файл - это номера фреймов, и каждая группа в индексном файле выгружается в отдельный
файл траектории.

· Выбрать кадры в определенном диапазоне количества, указанного в .xvg .

GMX Trjcat лучше подходит для объединения нескольких файлов траектории.

Для ввода и вывода поддерживаются следующие форматы: .xtc, .трр, .гро, .g96 и .pdb.
Форматы файлов определяются по расширению файла. Точность .xtc и .гро
вывод берется из входного файла для .xtc, .гро и .pdbи из -ндец вариант для
другие форматы ввода. Точность всегда берется из -ндец, когда этот параметр установлен.
Все остальные форматы имеют фиксированную точность. .трр вывод может быть одинарной или двойной точности,
в зависимости от точности GMX трджконв двоичный. Обратите внимание, что скорости только
поддерживается в .трр, .гро и .g96 файлы.

Опция -сеп можно использовать для записи каждого кадра в отдельный .гро, .g96 or .pdb файл. К
по умолчанию все кадры записываются в один файл. .pdb файлы со всеми объединенными кадрами могут
быть просмотренным с расмол -нмрпдб.

Есть возможность выбрать часть вашей траектории и записать ее в новый файл траектории.
для экономии места на диске, например, для исключения воды из траектории движения белка
в воде. ВСЕГДА записать исходную траекторию на ленту! Мы рекомендуем использовать портативный
.xtc формат для вашего анализа, чтобы сэкономить место на диске и иметь переносимые файлы.

Есть два варианта подгонки траектории к опорной точке либо для существенных
анализ динамики и т. д. Первый вариант - это просто подгонка к эталонной структуре
в файле структуры. Второй вариант - прогрессивная подгонка, при которой первый таймфрейм
соответствует ссылочной структуре в файле структуры для получения и каждого последующего
таймфрейм подогнан под ранее подобранную структуру. Таким образом, непрерывная траектория
генерируется, что может быть не так при использовании обычного метода подгонки, например, когда
ваш белок претерпевает большие конформационные переходы.

Опция -пбк задает тип периодической обработки граничных условий:

· моль помещает центр масс молекул в поле и требует, чтобы входной файл запуска
снабдить -s.

· разрешения помещает центр масс остатков в ящик.

· атом помещает все атомы в коробку.

· без прыжка проверяет, перепрыгивают ли атомы через коробку, а затем кладет их обратно. Это
эффект, что все молекулы останутся целыми (при условии, что они были целыми в первоначальном
конформация). Внимание что это обеспечивает непрерывную траекторию, но молекулы могут
распространять прямо из коробки. Начальная конфигурация для этой процедуры взята из
файл структуры, если он указан, в противном случае это первый кадр.

· кластер кластеризует все атомы в выбранном индексе так, чтобы все они были ближайшими
к центру масс кластера, который итеративно обновляется. Внимание что это
даст значимые результаты только в том случае, если у вас действительно есть кластер. К счастью, это может быть
затем проверили с помощью средства просмотра траектории. Также обратите внимание, что если ваши молекулы
сломанный, это тоже не сработает.

Отдельный вариант -кластерцентр можно использовать для указания приблизительного центра для
кластер. Это полезно, например, если у вас есть два больших пузырька, и вы хотите
сохраняют свое относительное положение.

· все только делает сломанные молекулы целыми.

Опция -ур устанавливает представление элементарной ячейки для опций моль, разрешения и атом of -пбк. Все
три варианта дают разные результаты для триклинических боксов и идентичные результаты для
прямоугольные коробки. прямоугольник обыкновенная форма кирпича. Tric - триклинная элементарная ячейка.
компактный помещает все атомы на самое близкое расстояние от центра коробки. Это может быть
полезен для визуализации, например, усеченных октаэдров или ромбических додекаэдров. Центр для
кредита Tric и компактный is Tric (см. ниже), если только опция -боксцентр установлен
по-другому.

Опция -центр центрирует систему в коробке. Пользователь может выбрать группу, которая будет использоваться
определить геометрический центр. Вариант -боксцентр задает расположение центра
коробка для опций -пбк и -центр. Варианты центра: Tric: половина суммы
коробки векторов прямоугольник: половина диагонали коробки, нуль: нуль. Вариант использования -пбк моль в дополнение
в -центр когда вы хотите, чтобы все молекулы в коробке после центрирования.

Опция -Box устанавливает размер нового поля. Этот параметр работает только для ведущих размеров
и поэтому обычно используется только для прямоугольных ящиков. Если вы хотите изменить только некоторые
размеров, например, при чтении с траектории, вы можете использовать -1 для тех
размеры, которые должны оставаться неизменными Не всегда возможно использовать комбинации
-пбк, -соответствовать, -ур и -центр делать именно то, что вы хотите, за один звонок GMX трджконв.
Рассмотрите возможность использования нескольких вызовов и посетите веб-сайт GROMACS для получения предложений.

В -дт, можно уменьшить количество кадров в выводе. Этот вариант полагается
от точности времени в вашей входной траектории, поэтому, если они неточные, используйте
-шаг времени возможность изменить время (это можно сделать одновременно). Для придания гладкости
фильмы, программа GMX фильтр можно уменьшить количество кадров при использовании низких частот
частотная фильтрация, это уменьшает наложение высокочастотных движений.

. -trunc GMX трджконв может обрезать .трр на месте, т.е. без копирования файла. Этот
полезен, когда запуск завершился сбоем во время дискового ввода-вывода (т. е. полный диск), или когда два смежных
траектории должны быть объединены без двойных фреймов.

Опция -дамп может использоваться для извлечения кадра в определенное время или около него из вашего
траектории, но надежно работает только в том случае, если временной интервал между кадрами одинаков.

Опция капля читает .xvg файл со временем и значениями. Когда варианты -бросить и / или
-капитание установлены, рамки со значением ниже и выше значения соответствующих опций
не будет написано.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-пт [<.ndx>] (frames.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-под [<.ndx>] (кластер.ndx) (Опционально)
Индексный файл

капля [<.xvg>] (дроп.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xtc / .trr / ...>] (trajout.xtc)
Траектория: экстаз TRR Гру g96 PDB тнг

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-пропускать (1)
Записывать только каждый nr-й кадр

-дт (0)
Записывать кадр только тогда, когда t MOD dt = первый раз (пс)

- [нет] раунд (Нет)
Круглые измерения с точностью до пикосекунды

-дамп (-1)
Кадр дампа в ближайшее указанное время (пс)

-т0 (0)
Время начала (пс) (по умолчанию: не менять)

-шаг времени (0)
Изменение временного шага между входными кадрами (пс)

-пбк (Нет)
Лечение КПБ (полное описание см. В справочном тексте): none, mol, res, atom, nojump,
кластер, целый

-ур (прямоугольник)
Представление элементарной ячейки: прямоугольное, трехуровневое, компактное

- [нет] центр (Нет)
Центрировать атомы в коробке

-боксцентр (трико)
Центр для -pbc и -center: tric, rect, zero

-Box (0 0 0)
Размер нового кубического блока (по умолчанию: считывается из ввода)

-транс (0 0 0)
Все координаты будут переведены пер. Это можно выгодно комбинировать
с -pbc mol -ur compact.

-сдвиг (0 0 0)
Все координаты будут сдвинуты на framenr * shift

-соответствовать (Нет)
Подобрать молекулу для определения структуры в файле структуры: none, rot + trans,
rotxy + transxy, перевод, транссексуал, прогрессив

-ндец (3)
Точность записи .xtc и .gro в количестве десятичных знаков

-[Роман (да)
Считайте и запишите скорости, если это возможно

- [нет] силы (Нет)
Прочтите и запишите форсировки, если возможно

-trunc (-1)
Обрезать входной файл траектории по истечении этого времени (пс)

-Exec
Выполнять команду для каждого выходного кадра с номером кадра в качестве аргумента

-Трещина (0)
Начать запись нового файла, когда t MOD split = first time (ps)

- [нет] сен (Нет)
Записывайте каждый кадр в отдельный файл .gro, .g96 или .pdb.

-nzero (0)
Если установлен флаг -sep, используйте это количество цифр для номеров файлов и добавьте
нули по мере необходимости

-бросить (0)
Отбросьте все кадры ниже этого значения

-капитание (0)
Отбросьте все кадры выше этого значения

- [нет] конект (Нет)
Добавляйте записи conect при записи .pdb файлы. Полезно для визуализации
нестандартные молекулы, например, крупнозернистые

Используйте gmx-trjconv онлайн с помощью сервисов onworks.net