Это команда gt-csa, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-csa - Преобразование совмещенных совмещений из файла GFF3 в согласованные совмещенные сопоставления.
СИНТАКСИС
gt CSA [вариант ...] [GFF3_file]
ОПИСАНИЕ
длина стыка [ценностное ]
установить длину соединения для объединенной кластеризации выравнивания (по умолчанию: 300)
-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Пример:
Предположим, у нас есть файл GFF3 csa_example_splied_alignments.gff3 содержащий
после четырех перекрывающихся сплайсинговых выравниваний (представленных как гены с экзонами как
дети):
## gff-версия 3
## последовательность-область seq 1 290
след. Ген 1 209. +. ID = gene1
след. экзон 1 90. +. Родитель = ген1
след. экзон 110 190. +. Родитель = ген1
след. экзон 201 209. +. Родитель = ген1
###
след. Ген 1 290. +. ID = gene2
след. экзон 1 90. +. Родитель = ген2
след. экзон 101 190. +. Родитель = ген2
след. экзон 201 290. +. Родитель = ген2
###
след. Ген 10 290. +. ID = gene3
след. экзон 10 90. +. Родитель = ген3
след. экзон 110 190. +. Родитель = ген3
след. экзон 201 290. +. Родитель = ген3
###
след. Ген 181 290. +. ID = gene4
след. экзон 181 190. +. Родитель = ген4
след. экзон 201 290. +. Родитель = ген4
###
Чтобы вычислить согласованные согласованные выравнивания, мы вызываем:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
Что возвращает:
## gff-версия 3
## последовательность-область seq 1 290
Генетика Гт 1 290. +. ID = gene1
seq gt csa мРНК 1. +. ID = мРНК290; Родитель = ген1
Последовательность gt csa экзон 1 90. +. Родитель = мРНК1
Последовательность gt csa экзон 110 190. +. Родитель = мРНК1
Последовательность gt csa экзон 201 290. +. Родитель = мРНК1
seq gt csa мРНК 1. +. ID = мРНК290; Родитель = ген2
Последовательность gt csa экзон 1 90. +. Родитель = мРНК2
Последовательность gt csa экзон 101 190. +. Родитель = мРНК2
Последовательность gt csa экзон 201 290. +. Родитель = мРНК2
###
Как можно видеть, они были объединены в согласованное объединенное выравнивание (представленное как
гены с мРНК в детстве, которые, в свою очередь, имеют экзоны в детстве) с двумя альтернативными
формы сращивания. Первая и третья совмещенные трассы объединены в первую
альтернативная форма сплайсинга (мРНК1) и второе и четвертое выравнивание сплайсинга в
вторая альтернативная форма сплайсинга (мРНК2).
Как видно, второй экзон из первой альтернативной формы сплайсинга короче, чем
соответствующий экзон из второй альтернативной формы сплайсинга.
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-csa онлайн с помощью сервисов onworks.net
