Это команда gt-seqmutate, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-seqmutate - Мутирует последовательности в заданном файле (файлах) последовательности.
СИНТАКСИС
gt секмутировать [вариант ...] [файл_последовательности ...]
ОПИСАНИЕ
-показатель [ценностное ]
установить частоту мутации (по умолчанию: 1)
-ширина [ценностное ]
установить ширину вывода для печати последовательности FASTA (0 отключает форматирование) (по умолчанию: 0)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Для каждой позиции в заданных последовательностях она определяется случайным образом с вероятностью
(частота мутаций / 100), если данная позиция мутирована. Если да, то в 80% случаев
выполняется замена, в 10% вставка и в 10% делеция, соответственно. Для
события замещения и вставки, нуклеотид генерируется случайным образом без учета
исходный нуклеотид. То есть возможны перезамены. Эта процедура равна
один описан на странице 1867 следующего документа:
TD Wu и CK Ватанабэ. ГМАП: a геномная отображение и выравнивание программа для мРНК и EST
последовательности. Биоинформатика, 21(9): 1859-1875, 2005.
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-seqmutate онлайн с помощью сервисов onworks.net
