Это команда gustaf, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gustaf - Gustaf - Generic mUlti-SpliT Alignment Finder: инструмент для сопоставления с разделением чтения
позволяя несколько разделений.
СИНТАКСИС
густаф [ВАРИАНТЫ]
ОПИСАНИЕ
GUSTAF использует SeqAns STELLAR, чтобы найти расщепления как локальные совпадения на разных нитях или
хромосомы. Могут быть указаны критерии и штрафы для объединения этих совпадений. Выход
файл содержит точки останова по лучшей цепочке.
Файл генома используется в качестве входных данных для базы данных, а файл чтения - в качестве входных данных для запроса.
Поддерживаются все параметры STELLAR. См. Документацию STELLAR для параметров STELLAR.
и варианты.
(c) 2011-2012, Кэтрин Трапп
-h, --Помогите
Отображает это справочное сообщение.
--версия
Отображение информации о версии
Опции GUSTAF:
Основные параметры:
-тп, --transPen INT
Штраф за межхромосомную транслокацию По умолчанию: 5.
-ip, --invPen INT
Штраф за инверсию По умолчанию: 5.
-op, --orderPen INT
Штраф за изменение внутрихромосомного порядка По умолчанию: 0.
оба, --overlapThresh ДВОЙНОЙ
Допустимое совпадение совпадений. По умолчанию: 0.5.
-гтх, --gapThresh INT
Допустимая длина промежутка между совпадениями По умолчанию: 10.
-с, --initGapThresh INT
Допустимая начальная или конечная длина зазора в начале и конце считывания. По умолчанию: 15.
-st, --служба поддержки INT
Количество поддерживающих чтений По умолчанию: 2.
Варианты ввода:
-m, --matchfile ФАЙЛОВ
Файл (звездных) совпадений. Допустимые типы файлов: gff и GFF.
Параметры вывода:
-бпо, --breakpointOut ФАЙЛОВ
Имя выходного файла точки останова. Допустимые типы файлов: gff и txt. Дефолт:
точки останова.gff.
-j, --название работы STR
Имя задания / очереди По умолчанию:.
-делать, - точки
Включить вывод графиков в формате точек
Звездные параметры:
Основные параметры:
-e, --эпсилон NUM
Максимальный коэффициент ошибок (не более 0.25). В диапазоне [0.0000001..0.25]. По умолчанию: 0.05.
-l, --minLength NUM
Минимальная длина эпсилон-совпадений. В диапазоне [0..inf]. По умолчанию: 100.
-f, --вперед
Искать только в прямой цепи базы данных.
-r, --задний ход
Искать только в обратном дополнении базы данных.
-a, --алфавит STR
Алфавитный тип входных последовательностей (ДНК, РНК, ДНК5, РНК5, белок, символ). Одна из ДНК,
ДНК5, РНК, РНК5, белок и уголь.
-v, --подробный
Установите режим детализации.
Параметры фильтрации:
-k, --кмер NUM
Длина q-граммов (не более 32). В диапазоне [1..32].
-рп, --repeatPeriod NUM
Максимальный период низкой сложности повторяется для фильтрации. По умолчанию: 1.
-рл, --repeatLength NUM
Минимальная длина фильтруемых повторов низкой сложности. По умолчанию: 1000.
-c, --изобилие NUM
коэффициент сокращения избытка k-мер. В диапазоне [0..1]. По умолчанию: 1.
Варианты проверки:
-x, --xDrop NUM
Максимальный x-drop для расширения. По умолчанию: 5.
-против, - проверка STR
Стратегия проверки: точная или лучшая локальная или групповая Глобальная Одна из точных, лучших локальных,
и bandGlobal. По умолчанию: точно.
-дт, --disableThresh NUM
Максимальное количество проверенных совпадений до отключения проверки для одного запроса
последовательность (по умолчанию бесконечность). В диапазоне [0..inf].
-n, --numMatches NUM
Максимальное количество сохраняемых совпадений на запрос и базу данных. Если STELLAR найдет больше
спички, сохраняются только самые длинные. По умолчанию: 50.
-s, --sortThresh NUM
Количество совпадений, по которым удаляются дубликаты. Выберите меньшее значение для
экономия места. По умолчанию: 500.
Версия
версия gustaf: 1.0 Последнее обновление июль 2012 г.
Используйте gustaf онлайн с помощью сервисов onworks.net
