Это команда hhmake, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hhmake - построить HMM из выравнивания ввода или преобразовать формат HMMER в HHsearch
формат
СИНТАКСИС
ххмейк -i файл [кредита]
ОПИСАНИЕ
HHmake версии 2.0.16 (январь 2013 г.) Создайте HMM из входного выравнивания в A2M, A3M или
Формат FASTA или преобразование между форматом HMMER (.hmm) и форматом HHsearch (.hhm). Реммерт
М., Бигерт А., Хаузер А. и Содинг Дж. HHblits: Молниеносная итеративная последовательность белка
поиск по выравниванию HMM-HMM. Nat. Методы 9: 173-175 (2011). (C) Йоханнес Сёдинг,
Майкл Реммерт, Андреас Бигерт, Андреас Хаузер
-i
выравнивание запроса (A2M, A3M или FASTA) или запрос HMM
Результат опции:
-o
Файл HMM для записи (по умолчанию = )
-a
HMM файл, который нужно добавить к
-v
подробный режим: 0: без вывода на экран 1: только предупреждения 2: подробный
-seq
Максимум. количество отображаемых последовательностей запросов / шаблонов (def = 10) Остерегайтесь переполнений! Все
эти последовательности хранятся в памяти.
-конс сделать консенсусную последовательность главной последовательностью запроса MSA
-имя
используйте это имя для HMM (по умолчанию: используйте имя первой последовательности)
Фильтр запроса множественного выравнивания последовательностей
-Я бы [0,100] максимальная идентичность парных последовательностей (%) (по умолчанию = 90)
-различие [0, inf [
фильтровать MSA, выбирая самый разнообразный набор последовательностей, сохраняя, по крайней мере, это количество
seqs в каждом блоке MSA длиной 50 (по умолчанию = 100)
-ков [0,100] минимальное покрытие с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-кид [0,100] минимальная идентичность последовательности с запросом (%) (по умолчанию = 0)
-qsc [0,100] минимальный балл за столбец с запросом (по умолчанию = -20.0)
-нефф [1, инф]
целевое разнообразие выравнивания (по умолчанию = выключено)
вход выравнивание Формат:
-M a2m использовать A2M / A3M (по умолчанию): верхний регистр = соответствие; нижний регистр = Вставить; '-' = Удалить; '.' знак равно
зазоры выровнены со вставками (могут быть опущены)
-M первый
используйте FASTA: столбцы с остатком в 1-й последовательности являются состояниями совпадения
-M [0,100]
используйте FASTA: столбцы с менее чем X% пробелов являются состояниями совпадения
Псевдосчет (ПК) опции:
-пкм 0-2 позиционная зависимость ПК примеси 'tau' (режим ПК, по умолчанию = 0)
0: нет псевдосчетов:
тау = 0
1: постоянный
тау = а
2: зависит от разнообразия: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: количество
эффективные последовательности в локальном MSA вокруг столбца i) 3: псевдосчетчики постоянного разнообразия
-пка [0,1] общая примесь псевдосчета (по умолчанию = 1.0)
-печатная плата [1, inf [пороговое значение Neff для -пкм 2 (по умолчанию = 1.5)
-пкк [0,3] показатель ослабления c для -пкм 2 (по умолчанию = 1.0)
-pre_pca [0,1]
Примесь псевдосчета PREFILTER (def = 0.8)
-pre_pcb [1, inf [порог PREFILTER для Neff (по умолчанию = 1.8)
Зависит от контекста псевдосчет:
-неконтекст
использовать матрицу подстановки вместо псевдосчетов, зависящих от контекста
-контекст контекстный файл для вычисления контекстно-зависимых псевдосчетов
(по умолчанию =. / data / context_data.lib)
-cslib
файл состояния столбца для быстрой предварительной фильтрации базы данных (по умолчанию =. / data / cs219.lib)
Пример: hhmake -i тест.а3м
Используйте hhmake онлайн с помощью сервисов onworks.net
