Это команда hmm2emit, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hmm2emit - генерировать последовательности из профиля HMM
СИНТАКСИС
хмм2emit [опции] хммфайл
ОПИСАНИЕ
хмм2emit читает файл HMM из хммфайл содержащий один или несколько HMM, и генерирует
количество последовательностей от каждой HMM; или, если -c выбран вариант, сгенерируйте один
консенсус по правилу большинства. Это может быть полезно для различных приложений, в которых требуется
моделирование последовательностей, согласующихся с консенсусом семейства последовательностей.
По умолчанию хмм2emit генерирует 10 последовательностей и выводит их в формате FASTA (невыровненный).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-a Запишите сгенерированные последовательности в выровненном формате (SELEX), а не в FASTA.
-c Прогнозировать единую согласованную последовательность по правилу большинства вместо последовательностей выборки
из распределения вероятностей HMM. Высококонсервативные остатки (p> = 0.9 для
ДНК, p> = 0.5 для белка) показаны заглавными буквами; другие показаны строчными буквами.
Некоторые состояния вставки могут стать частью консенсуса по правилу большинства, потому что они
используется в> = 50% сгенерированных последовательностей; когда это происходит, остатки, генерируемые вставкой
обозначаются просто как «x».
-h Распечатать краткую справку; включает номер версии и обзор всех опций, включая
экспертные варианты.
-n Создайте последовательности. По умолчанию 10.
-o Сохраните синтетические последовательности в файл вместо того, чтобы записывать их в стандартный вывод.
-q Тихий; подавить весь вывод, кроме самих последовательностей. Полезно для трубопроводов
или направляя вывод.
ЭКСПЕРТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--семя
Установите случайное начальное число на , в котором положительное целое число. По умолчанию используется
время() чтобы генерировать разные начальные числа для каждого запуска, что означает, что два разных
пробеги хмм2emit на одном и том же HMM даст несколько разные результаты. Вы можете использовать
эта опция для получения воспроизводимых результатов.
Используйте hmm2emit онлайн с помощью сервисов onworks.net
