Это команда indexdb_rna, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
indexdb_rna - инструмент для фильтрации, сопоставления и выбора OTU чтений NGS (indexdb)
СИНТАКСИС
indexdb_rna --ref db.fasta, db.idx [ОПЦИИ]
ОПИСАНИЕ
SortMeRNA - это инструмент анализа биологической последовательности для фильтрации, картирования и выбора OTU.
NGS читает. Основной алгоритм основан на приблизительных начальных числах и позволяет быстро и быстро
чувствительный анализ нуклеотидных последовательностей. Основное применение SortMeRNA - фильтрация
рРНК из метатранскриптомических данных. Дополнительные приложения включают выбор OTU и
присвоение таксономии доступно в QIIME v1.9 + (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA принимает в качестве входных данных файл чтений (формат fasta или fastq) и одну или несколько рРНК.
файл (ы) базы данных и сортирует рРНК и отклоненные чтения в два файла, указанные в
Пользователь. Необязательно, он может обеспечить высококачественное локальное выравнивание считываний рРНК против
База данных рРНК. SortMeRNA работает с данными Illumina, 454, Ion Torrent и PacBio и может
производить юстировки SAM и BLAST.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
ОБЯЗАТЕЛЬНОЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--ref STRING, STRING
Справочный файл FASTA, индексный файл
Пример:
--ref /путь/к/file1.fasta,/путь/к/index1
При передаче нескольких файлов ссылочной последовательности разделите их символом ':'
Пример:
--ref /путь/f1.fasta,/путь/index1:/путь/f2.fasta,путь/index2
ДОПОЛНИТЕЛЬНО ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--быстро BOOL
предлагаемый вариант для выравнивания ~ 99% родственных видов (по умолчанию: выключено)
--чувствительный BOOL
предлагаемый вариант для выравнивания ~ 75-98% родственных видов (по умолчанию: включено)
--tmpdir STRING
каталог, куда записывать временные файлы
-m INT объем памяти (в мегабайтах) для построения индекса (по умолчанию: 3072)
-L INT длина семян (по умолчанию: 18)
--max_pos INT
максимальное количество позиций для хранения для каждого уникального L-мера (по умолчанию: 10000, настройка
--max_pos 0 сохранит все позиции)
-v BOOL
подробный
-h BOOL
помощь
Используйте indexdb_rna в Интернете с помощью сервисов onworks.net
