iqtree - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

iqtree - эффективное филогенетическое программное обеспечение с максимальной вероятностью

СИНТАКСИС

iqtree -s [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ]

ОПИСАНИЕ

IQ-TREE версии 1.3.11.1 для 64-разрядной версии Linux, сборка 1 февраля 2016 г. Авторские права © 2011-2015 Nguyen
Лам Тунг, Ольга Черномор, Арндт фон Хезелер и Буй Куанг Минь.

ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ ОПЦИИ:
-? или -h
Печать этого диалогового окна справки

-s
Выравнивание ввода в формате PHYLIP / FASTA / NEXUS / CLUSTAL / MSF

-st
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (по умолчанию: автоматическое определение)

-q
Модель раздела, связанного с краем (файл в формате NEXUS / RAxML)

-spp Нравиться -q вариант, но разрешающий ставки для отдельных разделов

-сп Модель раздела без привязки к краю (например, -M вариант RAxML)

-t | BIONJ | СЛУЧАЙНЫЙ
Начальное дерево (по умолчанию: 100 деревьев экономии и BIONJ)

-чай Нравиться -t но исправление дерева пользователей (поиск по дереву не выполняется)

-o
Имя таксона внешней группы для записи .treefile

-пре
С использованием для выходных файлов (по умолчанию: aln / partition)

-семена
Случайный начальный номер, обычно используемый для отладки

-v, -вв, -ввв
Подробный режим, вывод на экран большего количества сообщений

НОВЫЕ стохастический ДЕРЕВО ПОИСК АЛГОРИТМ:
-плл Использовать библиотеку филогенетического правдоподобия (PLL) (по умолчанию: выключено)

-нумпарс
Количество начальных деревьев экономии (по умолчанию: 100)

-топпарс
Количество лучших деревьев экономии (по умолчанию: 20)

-спррад
Радиус для экономичного поиска SPR (по умолчанию: 6)

-число
Размер набора дерева кандидатов (по умолчанию: 5)

-перс
Сила возмущения для рандомизированного NNI (по умолчанию: 0.5)

-аллни
Выполните более тщательный поиск NNI (по умолчанию: выключено)

-нумстоп
Количество неудачных итераций, которые нужно остановить (по умолчанию: 100)

-n <#iterations>
Исправить количество итераций в <#iterations> (по умолчанию: авто)

-iqp Используйте возмущение дерева IQP (по умолчанию: рандомизированный NNI)

-iqpnni
Вернитесь к старому алгоритму поиска по дереву IQPNNI

УЛЬТРАФАСТ ЗАГРУЗКА:
-bb <# репликаты>
Сверхбыстрая загрузка (> = 1000)

-ВБТ Записывать деревья начальной загрузки в файл .ufboot (по умолчанию: нет)

-wbtl Подобно -ВБТ но также запись длины ветки

-нм <#iterations>
Максимальное количество итераций (по умолчанию: 1000)

-шаг <#iterations> # Итерации для правила остановки UFBoot (по умолчанию: 100)

-bcor
Минимальный коэффициент корреляции (по умолчанию: 0.99)

-бипс
RELL epsilon, чтобы разорвать связь (по умолчанию: 0.5)

STANDARD НЕПАРАМЕТРИЧЕСКИЙ ЗАГРУЗКА:
-b <# репликаты>
Bootstrap + дерево ML + дерево консенсуса (> = 100)

-до н.э <# репликаты>
Bootstrap + дерево консенсуса

бо <# репликаты>
Только бутстрап

SINGLE ФИЛИАЛ ТЕСТ:
-алрт <# репликаты>
SH-подобный тест приблизительного отношения правдоподобия (SH-aLRT)

-алрт 0
Параметрический тест aLRT (Анисимова и Гаскуэль, 2006)

-да
приблизительный тест Байеса (Анисимова и др., 2011)

-фунт <# репликаты>
Вероятности быстрой локальной начальной загрузки

Автоматические МОДЕЛЬ ВЫБОР:
-m ТОЛЬКО
Выбор стандартной модели (например, jModelTest, ProtTest)

-m ИСПЫТАНИЕ
Подобно -m ТОЛЬКО, но с последующей реконструкцией дерева

-m ТЕСТИРОВАТЬ ТОЛЬКО
Выбор новой модели, включая неоднородность FreeRate (+ R)

-m ТЕСТНОВАЯ
Подобно -m ТЕСТИРОВАТЬ ТОЛЬКО, но с последующей реконструкцией дерева

-m ТОЛЬКО ИСПЫТАТЬ
Выберите наиболее подходящую схему разделов (например, PartitionFinder)

-m ТЕСТМЕРЖЕ
Подобно -m ТОЛЬКО ТЕСТМЕРЖЕ, но с последующей реконструкцией дерева

-m ТЕСТ
Подобно -m TESTMERGEONLY, но включает неоднородность FreeRate

-m ТЕСТ
Подобно -m TESTNEWMERGEONLY с последующей реконструкцией дерева

-rcкластер
Процент пар разделов (расслабленный алгоритм кластеризации)

-мсет программа
Ограничьте поиск моделями, поддерживаемыми другими программами (например, raxml, phyml или
мрбайс)

-мсет m1, ..., mk
Ограничьте поиск моделями в списке, разделенном запятыми (например, -мсет WAG, LG, JTT)

-мсуб источник
Ограничьте поиск моделями АА, разработанными для конкретных источников (например, ядерных,
митохондриальный, хлоропластный или вирусный)

-мчастота f1, ..., fk
Ограничьте поиск списком частот состояний (белок по умолчанию: -мчастота FU, F;
кодон: -мчастота , F1x4, F3x4, F)

-материнг r1, ..., rk
Ограничьте поиск списком моделей для разных сайтов (например, -материнг
E, I, G, I + G, R)

-cмин
Минимальное количество категорий для модели FreeRate [+ R] (по умолчанию: 2)

-cмакс
Максимальное количество категорий для модели FreeRate [+ R] (по умолчанию: 10)

??? заслуги AIC | AICc | BIC
Критерий оптимальности для использования (по умолчанию: все)

-дерево Выполнение полного поиска по дереву для каждой рассматриваемой модели

-мредо Игнорирование результатов модели, вычисленных ранее (по умолчанию: нет)

-мадд mx1, ..., mxk
Список моделей смеси, которые также следует учитывать

-mdef
Файл NEXUS с описанием модели (см. Руководство)

ЗАМЕНА МОДЕЛЬ:
-m

ДНК: HKY (по умолчанию), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN / TrN, TNef,
TIM, TIMef, TVM, TVMef, SYM, GTR или 6-значная спецификация модели (например, 010010 =
ХКИ)

Белок: WAG (по умолчанию), Poisson, cpREV, mtREV, Dayhoff, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, ВИЧb, ВИЧw, JTTDCMut, FLU, Blosum62

Белковая смесь: C10, ..., C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
JTTCF4G

Двоичный: JC2 (по умолчанию), GTR2

Эмпирический кодон: KOSI07, SCHN05

Механистический кодон: GY (по умолчанию), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
МГ1КТС, МГ1КТВ, МГ2К

Полуэмпирический кодон: XX_YY, где XX - эмпирический, а YY - механистическая модель.

Морфология / SNP: MK (по умолчанию), ЗАКАЗАНО

В противном случае: имя файла, содержащего параметры пользовательской модели.
(параметры скорости и частоты состояний)

-m + F, + FO, + FU или + FQ (по умолчанию: авто)
подсчитанная, оптимизированная, определяемая пользователем, равная частота состояний

-m + F1x4 или + F3x4
Частоты кодонов

-m + ASC
Коррекция систематической ошибки установления для морфологических данных / данных SNP

-m "MIX {m1, ... mK}"
Модель смеси с K компонентами

-m "FMIX {f1, ... fK}"
Модель смешения частот с K компонентами

-mwopt Включите оптимизацию веса смеси (по умолчанию: нет)

СТАВКА ГЕТЕРОГЕННОСТЬ:
-m + I или + G [n] или + I + G [n] или + R [n]
Модель Invar, Gamma, Invar + Gamma или FreeRate, где n - количество категорий.
(по умолчанию: n = 4)

-a
Параметр формы гаммы для ставок сайта (по умолчанию: оценка)

-gсредний
Вычисление среднего для категории гамма-коэффициента (по умолчанию: среднее)

--тест-альфа
Более тщательная оценка параметров модели + I + G

-i
Доля неизменных сайтов (по умолчанию: оценка)

-мч Вычисление скорости сайта для файла .mhrate с использованием Meyer & von Haeseler (2003)
метод

ИСПЫТАНИЕ OF МОДЕЛЬ ОДНОРОДНОСТЬ:
-m САМЫЙ
Предположение об однородности модели тестирования (GTR + G) с использованием Weiss & von Haeseler (2003)
метод

-нс <# симуляторы>
# Моделирование для получения нулевого распределения (по умолчанию: 1000)

КОНСЕНСУС РЕКОНСТРУКЦИЯ:
-t
Набор входных деревьев для восстановления консенсуса

-минсуп
Минимальная поддержка разделения в диапазоне [0,1]; 0.5 для консенсуса по правилу большинства (по умолчанию: 0, т. Е.
расширенный консенсус)

-би
Отбрасывая деревья в начале

-С Вычисление дерева консенсуса для файла .contree

-сеть Вычисление сети консенсуса в файл .nex

-Как дела
Присвоение значений поддержки для в .suptree

-суптаг
Имя узла (или ВСЕ) для присвоения идентификаторов дерева, где встречается узел

РОБИНСОН-ФУЛДС РАССТОЯНИЕ:
-rf_all
Вычисление общих радиочастотных расстояний до деревьев в

-рф
Вычисление всех радиочастотных расстояний между двумя наборами деревьев, хранящихся в а также


-rf_adj
Вычисление радиочастотных расстояний до соседних деревьев в

ДЕРЕВО ТОПОЛОГИЯ ТЕСТ:
-z
Оценка набора пользовательских деревьев

-зб <# репликаты>
Выполнение тестов BP, KH, SH, ELW для деревьев, прошедших через -z

-zw Также выполняет тесты взвешенного KH и взвешенного SH.

ПОЛУЧЕНИЕ RANDOM ДЕРЕВЬЯ:
-r
Создайте случайное дерево по модели Юла-Хардинга.

-RU
Создайте случайное дерево под Uniform model.

-rcat
Создайте случайное дерево гусеницы.

-рбал
Создайте случайное сбалансированное дерево.

-rcsg
Создайте случайную сеть с круговым разбиением.

-рлен
минимальная, средняя и максимальная длина ветвей случайных деревьев.

РАЗНОЕ:
вес Записать локально оптимальные деревья в файл .treels

-блфикс Исправить длины ветвей дерева пользователей, передаваемых через -чай

-blмин Минимальная длина ветви для оптимизации (по умолчанию 0.000001)

-блмакс Максимальная длина ветви для оптимизации (по умолчанию 100)

-wsl Записать вероятность журнала сайта в файл .sitelh

-wslr Запишите вероятность сайта в журнал для каждой категории оценок

-wslm Запишите вероятности правдоподобия сайта для каждого смешанного класса

-wslmr Запишите вероятность сайта в журнал для смеси + класс ставок

-fconst f1, ..., fN
Добавить постоянные шаблоны в выравнивание (N = # nstates)

Используйте iqtree онлайн с помощью сервисов onworks.net